Przejdź do treści

0111-KDIB2-1.4010.467.2026.3.AJ

Skutki podatkowe zamiany nieruchomości.

Sygnatura
0111-KDIB2-1.4010.467.2026.3.AJ
Data wydania
Organ
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej
Status
Aktualna

Interpretacja indywidualna – stanowisko w części prawidłowe i w części nieprawidłowe

 

Szanowni Państwo,

stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego zdarzenia przyszłego w podatku dochodowym od osób prawnych jest w części prawidłowe i w części nieprawidłowe.

 

Zakres wniosku wspólnego o wydanie interpretacji indywidualnej

 

2 sierpnia 2026 r. wpłynął Państwa wniosek wspólny o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie m.in. podatku dochodowego od osób prawnych.

Wniosek został uzupełniony pismem z 9 września 2026 r. będącym odpowiedzią na wezwanie.

Treść wniosku wspólnego jest następująca:

 

Zainteresowani, którzy wystąpili z wnioskiem

1) Zainteresowany będący stroną postępowania:

X

2) Zainteresowany niebędący stroną postępowania:

Y

 

Opis zdarzenia przyszłego

X S.A. z siedzibą w (...) (dalej: „X” lub „Spółka”) jest spółką akcyjną, mającą siedzibę oraz zarząd na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej. Spółka jest zarejestrowanym podatnikiem VAT czynnym, niebędącym małym podatnikiem w rozumieniu art. 2 pkt 25 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tj. Dz. U. 2025 r. poz. 775 ze zm.) (dalej: „ustawa o VAT”).

Y (dalej: „Y” lub „Instytut”), jest instytutem badawczym, działającym na podstawie:

1) ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o instytutach badawczych (Dz. U. z 2024 r. poz. 534, ze zm.),

2) ustawy z dnia (...) 

3) statutu nadanego decyzją Ministra Klimatu i Środowiska z dnia (...) r. w sprawie nadania statutu (...)

Instytutem badawczym w rozumieniu ustawy o instytutach badawczych jest państwowa jednostka organizacyjna, wyodrębniona pod względem prawnym, organizacyjnym i ekonomiczno-finansowym, która prowadzi badania naukowe i prace rozwojowe ukierunkowane na ich wdrożenie i zastosowanie w praktyce.

Przedmiotem działania Y zgodnie z ww. aktami prawnymi jest m.in. (…)

Y poza zadaniami wymienionymi powyżej prowadzi również (…)

Y posiada osobowość prawną oraz siedzibę na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej. Y jest zarejestrowanym podatnikiem VAT czynnym w rozumieniu ustawy o VAT. W ramach prowadzonej działalności wykonuje zarówno działalność statutową o charakterze publicznym, jak i działalność gospodarczą w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy o VAT.

Przedmiot działalności Instytutu mieści się w zakresie zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie zapisów w art. 17 ust.1 pkt 4 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 554 ze zm., dalej: „ustawa o CIT.”) Dochód, który powstanie z tytułu dostawy nieruchomości w ramach Transakcji Zamiany, o której mowa poniżej, zostanie przeznaczony na cele statutowe objęte zwolnieniem.

X oraz Y łącznie zwani będą dalej: „Wnioskodawcy” lub „Strony”.

X oraz Y planują dokonanie zamiany nieruchomości (dalej: „Transakcja Zamiany”, „Transakcja”, „Umowa Zamiany” lub „Zamiana”) w rozumieniu art. 603 ustawy z dnia 23 kwietnia 1964 r. Kodeks cywilny (Dz. U. z 2026 r., poz. 795, ze zm.) (dalej: „kc” lub „kodeks cywilny”), zgodnie z którą każda ze stron przeniesie na drugą stronę prawo do określonych składników majątkowych w postaci prawa użytkowania wieczystego gruntów oraz prawa własności budynków i budowli posadowionych na tych gruntach. Transakcja zostanie dokonana w formie aktu notarialnego. Jednocześnie na żadnej ze Stron nie będzie ciążył obowiązek dopłaty z tytułu dokonanej Zamiany.

W celu realizacji Zamiany Strony zawarły umowę przedwstępną (dalej: „Umowa Przedwstępna”), zawierającą określone warunki, po spełnieniu których zawarta zostanie umowa przyrzeczona (dalej: „Umowa Przyrzeczona”). Warunki te związane są z wymogami formalnoprawnymi (takie jak np. dokonanie wpisu do księgi wieczystej, uzyskanie zgody na dokonanie Zamiany przez odpowiednie instytucje), a także dotyczą przeprowadzenia prac adaptacyjnych przez X przed zamianą nieruchomości. Na podstawie Umowy Przyrzeczonej dojdzie do wzajemnego przeniesienia praw do określonych poniżej nieruchomości.

  - Po stronie X: Prawo użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowej położonej w (…), wraz z prawem własności posadowionych na nich budynków i budowli stanowiących odrębny od gruntu przedmiot własności, tj. budynku biurowego trzykondygnacyjnego (Budynek 1), budynku niemieszkalnego jednokondygnacyjnego (Budynek 2), budynku przemysłowego dwukondygnacyjnego (Budynek 3), dwóch budynków magazynowych jednokondygnacyjnych (Budynek 4 i Budynek 5), a także budowli w postaci przepompowni ścieków wraz z uzbrojeniem oraz infrastruktury towarzyszącej (w tym ogrodzenia, słupów oświetleniowych oraz utwardzonych placów manewrowych i postojowych) (dalej łącznie jako: „Nieruchomość A”).

  - Po stronie Y: Prawo użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowych położonych w (…), wraz z prawem własności posadowionych na nich budynków i budowli stanowiących odrębny od gruntu przedmiot własności, w tym w szczególności:

   - na działce nr (…) - jednokondygnacyjnego budynku handlowo-usługowego (pow. zabudowy (…) m2), kilku jednokondygnacyjnych budynków niemieszkalnych (o pow. zabudowy odpowiednio (…) m2 oraz stacji transformatorowej, 

   - na działce nr (…) - budowli w postaci fragmentu ogrodzenia oraz szlabanu wjazdowego (nieruchomość wykorzystywana jako droga dojazdowa),

   - na działce nr (…)- czterech budynków o powierzchni zabudowy odpowiednio (…) m2 (budynek biurowy), (…) m2 (łącznik), (…) m2 (zewnętrzna klatka schodowa), (…) m2 (magazyn) oraz pięciokondygnacyjnego budynku magazynowo-biurowego (cztery kondygnacje naziemne i jedna podziemna) o powierzchni użytkowej (…) m2, a także infrastruktury towarzyszącej, w tym parkingów oraz drogi dojazdowej (dalej łącznie jako: „Nieruchomość B”).

Zarówno Nieruchomość A, jak i Nieruchomość B nie są formalnie wyodrębnione w przedsiębiorstwie Wnioskodawców jako dział, wydział, oddział itp. ani nie jest możliwe sporządzenie przez danego Wnioskodawcę odrębnego bilansu lub rachunku zysków i strat w odniesieniu do danej Nieruchomości czy też nie jest prowadzona odrębna księgowość pozwalająca na przyporządkowanie do niego przychodów, kosztów, aktywów, zobowiązań.

W ramach Zamiany, zarówno X, jak i Y nie przeniosą na siebie nawzajem praw i obowiązków wynikających z umów cywilnoprawnych zawartych z personelem zajmującym się m.in. zarządzaniem nieruchomościami, umów o dostawę mediów, umów w zakresie obsługi technicznej Nieruchomości B czy Nieruchomości A, umów na obsługę serwisową związaną z ich funkcjonowaniem, takich jak np. umowa o świadczenie usług ochrony, utrzymania czystości, monitoringu przeciwpożarowego itp.

W odniesieniu do każdej z Nieruchomości, Strona Transakcji nie przejmie jakichkolwiek zobowiązań, chyba że byłyby one przenoszone z mocy prawa.

Jeżeli sprzedaż objęta Transakcją, choćby w części, zwolniona będzie od VAT na podstawie art. 43 ust. 1 ustawy VAT, zarówno X, jak i Y wystawią faktury dokumentujące dostawę poszczególnych Nieruchomości niezależnie od zastosowanego zwolnienia od VAT.

[Nabycie Nieruchomości A przez X]

Spółka nabyła Nieruchomość A za kwotę (…) PLN dnia(…)  2026 r. na mocy umowy przenoszącej od osoby fizycznej prowadzącej działalność gospodarczą i będącej podatnikiem VAT. Transakcja ta była przedmiotem wniosku wspólnego o wydanie interpretacji indywidualnej, zakończonego interpretacjami indywidualnymi Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 27 sierpnia 2025 r.:

  - sygn. 0111-KDIB3-2.4012.394.2025.3.AR - w zakresie ustawy o VAT, w której potwierdzono w szczególności, że w przedmiotowej sprawie, transakcja sprzedaży prawa użytkowania wieczystego Działki (…), (…) oraz (…) wraz z prawem własności znajdujących się na nich budynków i budowli będzie korzystać ze zwolnienia z opodatkowania podatkiem VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT z możliwością rezygnacji z tego zwolnienia na podstawie art. 43 ust. 10-11 ww. ustawy. Jednocześnie tut. Organ potwierdził, że w zakresie sprzedaży niezabudowanej Działki (…) zastosowanie znajdzie zwolnienie z VAT przewidziane w art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy o VAT, o ile nie zostanie wydana w stosunku do tej działki nowa decyzja WZ (co po złożeniu wniosku nie miało miejsca);

  - sygn. 0111-KDIB2-3.4014.275.2025.4.JS - w zakresie ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, w której wskazano, że w zakresie, w którym sprzedaż obejmuje prawo użytkowania wieczystego i nieruchomości (budynki i ich części składowe) dostawa będzie opodatkowana PCC, podczas gdy dostawa ruchomości (tj. tego, co nie stanowi budynku lub jego części składowej) nie będzie objęta PCC.

Stosując się do powołanej powyżej interpretacji indywidualnej w zakresie podatku VAT, Strony zdecydowały się nie skorzystać z prawa do opodatkowania 23% VAT dostawy budynków i budowli posadowionych na Działkach (…), (…) oraz (…) na podstawie art. 43 ust. 10 ustawy o VAT, w zakresie w jakim dostawa podlegała zwolnieniu z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT. Jednocześnie, w odniesieniu do Działki (…) zastosowane zostało zwolnienie z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 9 ww. ustawy.

Teren, na którym położone są Działka (…), Działka (…), Działka (…) oraz Działka (…), nie był na moment nabycia Nieruchomości A przez X objęty miejscowym planem zagospodarowania przestrzennego.

Niemniej, (…)  2026 r. została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym Województwa (…)

Poprzedni właściciel Nieruchomości A, w ramach prowadzonej działalności gospodarczej i pozostając w związku z nią podatnikiem VAT czynnym, wybudował na Nieruchomości A w szczególności opisane niżej budynki wraz z określonymi budowlami, instalacjami i urządzeniami technicznymi:

1) trzykondygnacyjny budynek o przeznaczeniu biurowym (Budynek 1),

2) jednokondygnacyjny budynek o przeznaczeniu niemieszkalnym (Budynek 2),

3) dwukondygnacyjny budynek o przeznaczeniu przemysłowym (Budynek 3), oraz

4) jednokondygnacyjny budynek o przeznaczeniu: zbiorniki, silosy i budynki magazynowe (Budynek 4), oraz

5) jednokondygnacyjny budynek o przeznaczeniu: zbiorniki, silosy i budynki magazynowe Budynek 5).

Budynek 1 i Budynek 2 zostały oddane do użytkowania w roku 2013, zaś Budynek 3, Budynek 4 i Budynek 5 zostały oddane do użytkowania w roku 2015. W wymienionych latach zostały wydane i stały się ostateczne odpowiednie decyzje administracyjne udzielające pozwolenia na użytkowanie tych Budynków, przy czym decyzja wydana w roku 2013 obejmowała również instalacje i urządzenia techniczne związane z obiektem). Opisane wyżej Budynki zostały wzniesione na Działce (…), przy czym Budynek 5 położony jest zarówno na Działce (…) jak i na Działce (…).

Ponadto na Działce (…) zlokalizowana jest budowla w postaci urządzeń kanalizacyjnych przepompowni ścieków wraz z uzbrojeniem („Budowla” lub „Przepompownia”).

Na Działce (…) nie zostały wzniesione żadne budynki ani budowle.

Okres, jaki upłynął od rozpoczęcia wykorzystywania ww. Budynków i budowli na potrzeby działalności gospodarczej przez poprzedniego właściciela, przekroczył w sposób znaczący okres 2 lat.

W ciągu ostatnich dwóch lat zarówno poprzedni właściciel, jak i Spółka jako nowy nabywca nie ponieśli wydatków na ulepszenie, w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, któregokolwiek z ww. Budynków, ani też jakiejkolwiek budowli lub jej części, wybudowanych na Nieruchomości A, które stanowiłyby co najmniej 30% ich wartości początkowej. W związku z Transakcją planowane jest przeprowadzenie przez Spółkę prac adaptacyjnych stanowiących jeden z warunków dokonania Zamiany (szczegóły przedstawiono poniżej), niemniej Strony nie przewidują, aby ich wartość na moment dokonania Transakcji przekroczyła 30% wartości początkowej któregokolwiek z Budynków, ani też jakiejkolwiek budowli lub jej części, wybudowanych na Nieruchomości A.

[Nabycie Nieruchomości B przez Instytut]

Instytut nabył Nieruchomość B dnia (…)  2007 roku na mocy umowy sprzedaży (rep. (…)) od (…)

Nabycie Nieruchomości B przez Instytut od poprzedniego właściciela było zwolnione z VAT.

Na moment nabycia, na Nieruchomości B znajdowały się budynki i budowle wskazane powyżej, które mają być przedmiotem Zamiany, tj.

  - na działce nr (…) - jednokondygnacyjny budynek handlowo-usługowy (pow. zabudowy (…) m2), kilka jednokondygnacyjnych budynków niemieszkalnych (o pow. zabudowy odpowiednio (…) m2) oraz stacja transformatorowa,

  - na działce nr (…) - budowla w postaci fragmentu ogrodzenia oraz szlabanu wjazdowego (nieruchomość wykorzystywana jako droga dojazdowa),

  - na działce nr (…) - cztery budynki o powierzchni zabudowy odpowiednio (…) m2 (budynek biurowy), (…) m2 (łącznik), (…) m2 (zewnętrzna klatka schodowa), (…)m2 (magazyn) oraz pięciokondygnacyjny budynek magazynowo-biurowego (cztery kondygnacje naziemne i jedna podziemna) o powierzchni użytkowej (…) m2.

Budynki i budowle były przedmiotem pierwszego zasiedlenia jeszcze przez poprzedniego właściciela Nieruchomości B i nie zostały w ciągu ostatnich dwóch lat ulepszone przez Instytut, tj. wydatki poniesione na ulepszenie, w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, nie stanowiły co najmniej 30% wartości początkowej któregokolwiek z budynków czy budowli posadowionych na tej Nieruchomości.

[Prace Adaptacyjne]

Jako jeden z warunków pozwalających na zawarcie Umowy Przyrzeczonej, Umowa Przedwstępna przewiduje wykonanie na Nieruchomości A przez X przed zawarciem Umowy Przyrzeczonej prac projektowych, robót budowlanych, prac remontowych oraz innych prac adaptacyjnych, na własny koszt i ryzyko (dalej: “Prace Adaptacyjne” lub “Prace”). Planowane jest, aby Prace Adaptacyjne rozpoczęły się niezwłocznie po podpisaniu Umowy Przedwstępnej oraz uzyskaniu zgód wymaganych od organów państwowych i zostały zakończone w możliwie najszybszym terminie. Zakres Prac Adaptacyjnych będzie obejmować w szczególności prace według wytycznych Instytutu nad pomieszczeniami o funkcjach takich jak serwerownia, pomieszczenia laboratoryjne, warsztaty, garaże, magazyny, które są konieczne do prawidłowego funkcjonowania Instytutu, a także prace o charakterze remontowym, mające na celu odświeżenie Nieruchomości B.

Po ustaleniu przez Strony ostatecznego planu w zakresie ww. Prac, sporządzony zostanie ich plan kosztów, oparty o przewidywane przez strony wydatki zw. z przeprowadzeniem Prac, w tym wykonanie projektu, uzyskanie wymaganych przepisami prawa pozwoleń czy koszty usług generalnego wykonawcy, którego X planuje zatrudnić do ich wykonania. Po zakończeniu Prac Adaptacyjnych Strony dokonają ich odbioru technicznego. Wraz z wydaniem Nieruchomości B Spółka przekaże Instytutowi dokumentację powykonawczą, instrukcję użytkowania obiektu oraz dokumenty gwarancyjne.

Całkowity koszt Prac Adaptacyjnych, w ramach których poniesione zostaną wydatki na wynagrodzenie z tytułu usług projektowych (w tym wykonanie projektu budowlanego i projektu wykonawczego), koszty uzyskania pozwoleń, wynagrodzenie generalnego wykonawcy, koszty nadzoru inwestorskiego, koszty materiałów, nie powinien przekroczyć wartości ok. (…) mln PLN brutto.

Równolegle z Pracami Adaptacyjnymi, Instytut wykona w Nieruchomości A na własny koszt i ryzyko dodatkowe roboty budowlane. Jeżeli po zawarciu Umowy Przyrzeczonej i przeniesieniu własności poszczególnych Nieruchomości w ramach Zamiany zajdzie w ocenie Instytutu potrzeba wykonania dalszych prac na Nieruchomości, prace te Instytut wykona we własnym zakresie i na własny koszt.

[Najmy]

Zgodnie z posiadanymi przez Spółkę informacjami, po oddaniu poszczególnych Budynków do użytkowania poprzedni właściciel Nieruchomości A rozpoczął ich użytkowanie na potrzeby własnej działalności gospodarczej opodatkowanej VAT, w tym również poprzez oddanie określonej części Budynków do użytkowania osobom trzecim w najem świadczony w ramach tej działalności gospodarczej. Przy czym opisany najem stanowił usługi opodatkowane VAT i niekorzystające ze zwolnienia od tego podatku.

Po zawarciu umowy przedwstępnej nabycia Nieruchomości A przez X, a jeszcze przed zawarciem ostatecznej umowy przenoszącej własność Nieruchomości na ten podmiot, większość umów najmu została rozwiązana (nastąpiło to z dniem 31.12.2025 r.).

Na Nieruchomości jako najemca pozostał podmiot, z którym jeszcze przez poprzedniego właściciela została zawarta umowa najmu na czas określony (tj. do 1 lutego 2028 r.), niemożliwa do rozwiązania przed czasem z perspektywy prawnej.

Dodatkowo, na Nieruchomości jako najemca pozostał dotychczasowy właściciel Nieruchomości A, w przypadku którego chodziło o zapewnienie krótkiego okresu przejściowego, który pozwoliłby na znalezienie nowego odpowiedniego zaplecza biurowego dla celów prowadzonej działalności gospodarczej (najem ten ma jednak jedynie charakter tymczasowy i zostanie wkrótce zakończony). Powierzchnię na Nieruchomości wynajmują na moment składania niniejszego wniosku także 3 inne podmioty, które zwróciły się o pozostanie w charakterze najemcy na Nieruchomości A. Ponieważ rozwiązanie to nie kolidowało z planami X i Instytutu (do czasu rozpoczęcia Prac Adaptacyjnych Nieruchomość i tak pozostawałaby nieużytkowana przez X), a dodatkowo, X widzi szansę na nawiązanie współpracy z jednym z tych podmiotów w ramach Prac Adaptacyjnych, Strony postanowiły się przychylić do tej prośby - podmioty te zostaną jednak na tej Nieruchomości jedynie tymczasowo. X nie zawierało nowych, długoterminowych umów najmu z innymi podmiotami dotyczących Nieruchomości A w celu prowadzenia działalności polegającej na komercyjnym wynajmie tej nieruchomości i nie planuje takich umów zawierać, ani też poszukiwać nowych najemców. Utrzymanie obowiązujących umów najmu wynikało z treści zawartych wcześniej umów oraz z braku możliwości ich natychmiastowego rozwiązania, a także z uwarunkowań organizacyjnych związanych z planowaną realizacją Umowy Zamiany.

Głównym celem nabycia Nieruchomości A nie było i nie jest ani jej użytkowanie przez X na potrzeby związane z działalnością gospodarczą, ani czerpanie pożytków z umów najmu, lecz jej jak najszybsze zbycie w ramach Zamiany. Nieruchomość A została bowiem nabyta przez X wyłącznie w celu dokonania Zamiany na Nieruchomość B, tj. po to, aby pozyskać nieruchomość przyległą do pozostałych posiadanych nieruchomości i w ten sposób powiększyć posiadany obszar (...)  przy (…), co jest potrzebne w związku z dynamicznym rozwojem podstawowej działalności gospodarczej Spółki. Sama Nieruchomość A nie jest natomiast potrzebna X do jakiegokolwiek innego celu (gdyby nie doszło do Zamiany, wówczas X dążyłoby do sprzedaży tej nieruchomości na rzecz innego podmiotu).

Na dzień sporządzenia niniejszego Wniosku Spółka nie jest w stanie precyzyjnie określić przewidywanego okresu posiadania Nieruchomości A. Okres ten uzależniony będzie w szczególności od przebiegu postępowań administracyjnych, uzyskania wymaganych decyzji, zgód i pozwoleń związanych z planowanymi Pracami Adaptacyjnymi, a także od szeregu czynników formalnych, technicznych, organizacyjnych oraz biznesowych, w tym pozostających poza bezpośrednią kontrolą Spółki. Jednocześnie nabycie przedmiotowej Nieruchomości A było podyktowane wyłącznie chęcią jej późniejszej zamiany na Nieruchomość B.

[Operaty]

W związku z pracami związanymi z przygotowaniem projektu Umowy Przedwstępnej, a także docelowo Umowy Przyrzeczonej, Strony sporządziły operaty szacunkowe, zlecając te prace niezależnym podmiotom będącym rzeczoznawcami majątkowymi, przy czym część z nich została sporządzona na zlecenie X, a część na zlecenie Y, dodatkowo operaty zlecone przez X wykonane zostały przez innego rzeczoznawcę majątkowego niż operaty zlecone przez Y. Na zlecenie X dla Nieruchomości B sporządzony został operat szacunkowy przez rzeczoznawcę majątkowego, datowany na dzień 1 października 2025 r. (z późniejszymi zmianami), w którym określono wartość rynkową prawa użytkowania wieczystego gruntu oraz własności posadowionych na nim budynków w podejściu dochodowym (metodą inwestycyjną, techniką kapitalizacji prostej), a także - pomocniczo - w podejściu porównawczym dla określenia wartości gruntu jako niezabudowanego (alternatywny sposób użytkowania). Datą określenia wartości był dzień 18 września 2025 r. Operaty wykonano zgodnie z obowiązującymi przepisami oraz Powszechnymi Krajowymi Zasadami Wyceny.

W operacie wskazano dwie wartości:

  - wartość rynkową prawa użytkowania wieczystego nieruchomości zabudowanej w wysokości (…) zł,

  - wartość rynkową prawa użytkowania wieczystego nieruchomości zabudowanej przy założeniu alternatywnego sposobu użytkowania (wartość gruntu pomniejszona o koszty rozbiórki istniejących naniesień) w wysokości (…) zł.

Operat zawiera szczegółową analizę stanu prawnego nieruchomości, przeznaczenia w planie miejscowym, charakterystyki technicznej budynków, analizy rynku lokalnego (w tym rynku powierzchni biurowych i magazynowych), przyjętych stawek czynszów, poziomu pustostanów, kosztów operacyjnych oraz przyjętej stopy kapitalizacji.

Jednocześnie na zlecenie Y sporządzony został odrębny operat szacunkowy sporządzony przez rzeczoznawcę majątkowego, w którym wartość rynkowa prawa użytkowania wieczystego gruntu oraz własności budynków na Nieruchomości B została określona na kwotę (…) zł. Wycena ta została sporządzona w podejściu dochodowym, przy zastosowaniu metody inwestycyjnej, zgodnie z obowiązującymi przepisami oraz Powszechnymi Krajowymi Zasadami Wyceny.

Dla Nieruchomości A sporządzony został operat szacunkowy przez rzeczoznawcę majątkowego, datowany na dzień 26 września 2025 r., w którym określono wartość rynkową prawa użytkowania wieczystego gruntu oraz własności posadowionych na nim budynków w podejściu dochodowym (metodą inwestycyjną, techniką kapitalizacji prostej). W operacie przyjęto datę określenia wartości na 17 września 2025 r. Wartość rynkowa nieruchomości została określona na kwotę (…) zł.

Następnie, w związku z koniecznością skorygowania wyniku wyceny, sporządzony został aneks do operatu z dnia 21 października 2025 r., w którym wskazano skorygowaną wartość rynkową Nieruchomości A w wysokości (…) zł. Aneks stanowi integralną część operatu szacunkowego i został sporządzony zgodnie z przepisami prawa oraz Powszechnymi Krajowymi Zasadami Wyceny (PKZW).

Na zlecenie Y przygotowano odrębny operat szacunkowy sporządzony przez rzeczoznawcę majątkowego, w którym określono wartość rynkową prawa użytkowania wieczystego gruntu oraz własności posadowionych na nim budynków na Nieruchomości A w podejściu dochodowym (metodą inwestycyjną, techniką kapitalizacji prostej). W operacie tym wartość rynkowa nieruchomości została określona na kwotę (…) zł.

 

Jednocześnie na podstawie ustaleń umownych Strony przyjmują, za operatami, dla potrzeb Zamiany wartość dla:

- Nieruchomości A w kwocie (…) zł

- Nieruchomości B w kwocie (…) zł.

 

W piśmie z 9 września 2026 r., stanowiącym uzupełnienie wniosku wskazali Państwo, m.in., że:

1.  Art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT:

 1. Wolne od podatku są:

 4) dochody podatników, z zastrzeżeniem ust. 1c, których celem statutowym jest działalność naukowa, naukowo-techniczna, oświatowa, w tym również polegająca na kształceniu studentów, kulturalna, w zakresie kultury fizycznej i sportu, ochrony środowiska, wspierania inicjatyw społecznych na rzecz budowy dróg i sieci telekomunikacyjnej na wsi oraz zaopatrzenia wsi w wodę, dobroczynności, ochrony zdrowia i pomocy społecznej, rehabilitacji zawodowej i społecznej inwalidów oraz kultu religijnego - w części przeznaczonej na te cele;

Instytut realizuje cele w obszarze: działalność naukowa i ochrona środowiska.

  2. Statut Instytutu: (…)

Praktycznie cały przedmiot działalności Instytutu wskazany w § 3 ust. 1 i 2 Statutu wpisuje się w obszary zaznaczone powyżej (art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT).

 3. Instytut wypełnia warunki do zastosowania zwolnienia z opodatkowania przewidziane w art. 17 ust 1a-1c ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

 4. Instytut zakłada, że nabywana nieruchomość A będzie służyła wyłącznie działalności statutowej. Jednakże, gdyby miała być prowadzona w przedmiotowej nieruchomości również działalność gospodarcza, wówczas Instytut w ewidencji księgowej wyodrębni konta dedykowane tylko dla działalności naukowej oraz tylko dla działalności gospodarczej – podany sposób ewidencji z uwzględnieniem podziału dla różnych działalności skutkujących zwolnieniem z podatku oraz opodatkowanych) jest stosowany w bieżącej działalności Instytutu.

 5. Przedmiotem planowanego nabycia będzie nieruchomość wolna od obciążeń z tytułu przedmiotowej umowy najmu. Aktualne uzgodnienia stron zmierzają do skutecznego zakończenia i rozwiązania umowy najmu przed dniem przejścia praw do nieruchomości na rzecz Instytutu. W konsekwencji, w dacie nabycia nieruchomości umowa ta już nie będzie obowiązywać, co wyklucza sukcesję praw i obowiązków wynajmującego.

Pytania

1) Czy w związku z nabyciem Nieruchomości A z zamiarem przeniesienia jej własności w ramach Transakcji Zamiany, ponieważ jest to składnik majątku przeznaczony do dalszego zbycia, X nie powinno rozpoznawać tej Nieruchomości jako środek trwały, a tym samym nie jest uprawnione do dokonywania odpisów amortyzacyjnych do tej Nieruchomości? (pytanie ostatecznie sformułowane w uzupełnieniu wniosku oznaczone nr 3A)

2) Czy podstawą opodatkowania pod kątem podatku CIT dla Instytutu, z tytułu dostawy nieruchomości w ramach Transakcji zamiany, będzie różnica pomiędzy wartością Nieruchomości B, a niezamortyzowaną częścią tej nieruchomości? (pytanie oznaczone we wniosku nr 10)

3) Czy różnica pomiędzy wartością Nieruchomości B, a niezamortyzowaną częścią wartości tej nieruchomości będzie zwolniona z opodatkowania podatkiem CIT, jeśli nabywana nieruchomość (A) w ramach Transakcji Zamiany będzie służyła działalności zwolnionej? (pytanie oznaczone we wniosku nr 11)

Państwa stanowisko w sprawie

Ad 1. (stanowisko ostatecznie sformułowane w uzupełnieniu wniosku z 9 września 2026 r.)

Zgodnie z art. 16a ust. 1 ustawy z 15 lutego 1992 r. o CIT, amortyzacji podlegają, z zastrzeżeniem art. 16c, stanowiące własność lub współwłasność podatnika, nabyte lub wytworzone we własnym zakresie, kompletne i zdatne do użytku w dniu przyjęcia do używania:

1) budowle, budynki oraz lokale będące odrębną własnością,

2) maszyny, urządzenia i środki transportu,

3) inne przedmioty

   - o przewidywanym okresie używania dłuższym niż rok, wykorzystywane przez podatnika na potrzeby związane z prowadzoną przez niego działalnością gospodarczą albo oddane do używania na podstawie umowy najmu, dzierżawy lub umowy określonej w art. 17a pkt 1, zwane środkami trwałymi.

W świetle powyższego, składnik majątku zalicza się do środków trwałych, jeżeli łącznie zostaną spełnione następujące warunki:

  - stanowi on własność lub współwłasność podatnika,

  - został nabyty lub wytworzony we własnym zakresie,

  - jest kompletny i zdatny do użytku w dniu przyjęcia do używania,

  - przewidywany okres używania tego składnika na potrzeby prowadzonej działalności gospodarczej jest dłuższy niż rok,

  - składnik ten jest wykorzystywany przez podatnika na potrzeby prowadzonej przez niego działalności gospodarczej albo został oddany do używania na podstawie umowy najmu, dzierżawy lub umowy leasingu.

Jak wskazano w opisie zdarzenia przyszłego, na moment składania niniejszego Wniosku Strony nie są w stanie stwierdzić, czy Nieruchomość A będzie stanowić składnik majątku X przez okres krótszy czy też dłuższy niż rok. Intencją Spółki jest jak najszybsze zbycie Nieruchomości A poprzez dokonanie Zamiany, niemniej w praktyce zależy to od szeregu czynników, związanych m.in. z koniecznością uzyskania pozwoleń, zgody na Transakcję Zamiany wydanej przez Prezesa Prokuratorii Generalnej Rzeczypospolitej Polskiej, czasu niezbędnego na uzgodnienie i przeprowadzenie Prac Adaptacyjnych itd. W związku z tym, istnieje możliwość, że czas, który upłynie pomiędzy nabyciem Nieruchomości A przez X a przeniesieniem jej własności na Y będzie dłuższy niż rok.

Niezależnie od powyższego, intencją X nie jest korzystanie z tej Nieruchomości na potrzeby prowadzonej działalności gospodarczej ani czerpanie zysków z tytułu jej wynajmu, ponieważ od samego początku celem było nabycie Nieruchomości A tylko po to, aby w ramach Zamiany pozyskać nieruchomość przyległą do pozostałych posiadanych nieruchomości i w ten sposób powiększyć posiadany obszar (...) przy (…), co jest potrzebne w związku z dynamicznym rozwojem podstawowej działalności gospodarczej Spółki.

Należy przy tym zauważyć, że nie wszystkie umowy najmu zostały zakończone po nabyciu Nieruchomości A przez X, co wynikało z uwarunkowań związanych z transakcją nabycia Nieruchomości A, w tym ich zakończenia ze względu na postanowienia w umowach zawartych z najemcami przez poprzedniego właściciela nieruchomości. Przy tym, intencją Stron jest dokonanie zamiany nieruchomości wolnych od wszelkich umów najmu, co oznacza, że X będzie dążyć do rozwiązania wszystkich umów najmu na Nieruchomości A przed dokonaniem Transakcji Zamiany. Zdaniem Wnioskodawców, fakt ten nie powinien mieć jednak decydującego znaczenia przy klasyfikacji Nieruchomości jako towar handlowy lub jako środek trwały, ponieważ najmy te mają jedynie charakter tymczasowy i docelowo mają zostać zakończone. Jak już zostało wskazane, głównym celem nabycia Nieruchomości A nie jest ani jej użytkowanie przez X na potrzeby związane z działalnością gospodarczą, ani czerpanie pożytków z umów najmu, lecz jej jak najszybsze zbycie w ramach Umowy Zamiany.

Wobec tego, zdaniem Wnioskodawców, Nieruchomość A nie spełnia warunków pozwalających na jej uznanie za środek trwały X ze względu na fakt, że nie jest to składnik majątku przeznaczony do długoterminowego użytkowania przez X lub najemców, lecz do przeniesienia jego własności w ramach Umowy Zamiany w możliwie szybkim terminie jest to składnik majątku przeznaczony do sprzedaży). W konsekwencji, nie byłoby uzasadnione dokonywanie od tej Nieruchomości odpisów amortyzacyjnych dla celów podatkowych przez C przed zawarciem Umowy Zamiany.

W związku z tym, zdaniem Wnioskodawców, Nieruchomość A nie powinna stanowić środka trwałego z perspektywy ustawy o CIT, a tym samym X nie jest uprawione do dokonywania odpisów amortyzacyjnych od tej Nieruchomości za okres od czasu nabycia tej Nieruchomości do czasu dokonania Transakcji Zamiany.

Ad 2

Transakcja Zamiany nieruchomości pod kątem podatku dochodowego od osób prawnych, zgodnie z art. 14 ust.1 ustawy o CIT, jest traktowana na równi ze sprzedażą opodatkowaną. Przychód uzyskany z nieruchomości zbywanej (Nieruchomość B) należy pomniejszyć o koszty uzyskania przychodu zbywanej nieruchomości, które stanowią niezamortyzowaną część nieruchomości zbywanej.

Różnica pomiędzy przychodem a kosztem uzyskania przychodu stanowi dochód do opodatkowania. Mając na uwadze powyższe należy stwierdzić, że dochodem do opodatkowania w ramach Transakcji Zamiany będzie różnica pomiędzy wartością nieruchomości zbywanej (Nieruchomość B) a kosztem uzyskania przychodu z tytułu niezamortyzowanej części wartości zbywanej nieruchomości.

Ad 3.

Podstawowymi aktami prawnymi regulującymi zakres działania Instytutu i określającymi jego zadania są:

- ustawa z dnia 30 kwietnia 2010 r. o instytutach badawczych,

- ustawa (...)

- statut Y (zał. do decyzji Ministra Środowiska z dnia (...)),

- oraz rozporządzenie Rady Ministrów z dnia (...) w sprawie (…)

Instytutem badawczym w rozumieniu ustawy o instytutach badawczych jest państwowa jednostka organizacyjna, wyodrębniona pod względem prawnym, organizacyjnym i ekonomiczno-finansowym, która prowadzi badania naukowe i prace rozwojowe ukierunkowane na ich wdrożenie i zastosowanie w praktyce.

Przedmiotem działania Y zgodnie z ww. aktami prawnymi jest m. in.(...)

Ponadto, (...)

Y poza zadaniami wymienionymi powyżej prowadzi również (...).

Przedmiot działalności Instytutu mieści się w zakresie zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie zapisów w art. 17 ust.1 pkt 4 ustawy o CIT. Dochód, który powstanie z tytułu dostawy nieruchomości w ramach Transakcji Zamiany, zostanie przeznaczony na cele statutowe objęte zwolnieniem.

Mając powyższe na uwadze należy stwierdzić, że dochód uzyskany ze zbycia nieruchomości w drodze zamiany przeznaczony na cele statutowe, będzie zwolniony z podatku dochodowego od osób prawnych (CIT).

Ocena stanowiska

Stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku jest w części prawidłowe i w części nieprawidłowe.

Uzasadnienie interpretacji indywidualnej

Na wstępie należy zaznaczyć, że pytania przedstawione przez Państwa we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej wyznaczają zakres przedmiotowy tego wniosku. W związku z powyższym, wydana interpretacja dotyczy tylko sprawy będącej przedmiotem wniosku (Państwa zapytań). Zatem, inne kwestie wynikające z opisu sprawy i własnego stanowiska, nieobjęte pytaniem, nie zostały rozpatrzone w niniejszej interpretacji.

Pierwsza Państwa wątpliwość w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych dotyczy ustalenia, czy w związku z nabyciem Nieruchomości A z zamiarem przeniesienia jej własności w ramach Transakcji Zamiany, ponieważ jest to składnik majątku przeznaczony do dalszego zbycia, X nie powinno rozpoznawać tej Nieruchomości jako środek trwały, a tym samym nie jest uprawniony do dokonywania odpisów amortyzacyjnych do tej Nieruchomości

 

Zgodnie z art. 16a ust. 1 ustawy z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 554 ze zm., dalej „ustawa o CIT”):

Amortyzacji podlegają, z zastrzeżeniem art. 16c, stanowiące własność lub współwłasność podatnika, nabyte lub wytworzone we własnym zakresie, kompletne i zdatne do użytku w dniu przyjęcia do używania:

1) budowle, budynki oraz lokale będące odrębną własnością,

2) maszyny, urządzenia i środki transportu,

3) inne przedmioty

   - o przewidywanym okresie używania dłuższym niż rok, wykorzystywane przez podatnika na potrzeby związane z prowadzoną przez niego działalnością gospodarczą albo oddane do używania na podstawie umowy najmu, dzierżawy lub umowy określonej w art. 17a pkt 1, zwane środkami trwałymi.

 

Składnik majątku zalicza się do środków trwałych jeżeli łącznie zostaną spełnione następujące warunki:

   - stanowi on własność lub współwłasność podatnika,

   - został nabyty lub wytworzony we własnym zakresie,

   - jest kompletny i zdatny do użytku w dniu przyjęcia do używania,

   - przewidywany okres używania tego składnika na potrzeby prowadzonej działalności gospodarczej jest dłuższy niż rok,

   - składnik ten jest wykorzystywany przez podatnika na potrzeby prowadzonej przez niego działalności gospodarczej albo został oddany do używania na podstawie umowy najmu, dzierżawy lub umowy leasingu.

Tak więc, składnik majątkowy jako kompletny i zdatny do użytku może zostać zaliczony do środków trwałych podatnika i być amortyzowany w przypadku, gdy stanowić on będzie własność lub współwłasność podatnika, a przewidywany okres jego używania przekraczać będzie rok.

W myśl art. 16d ust. 2 ustawy o CIT:

Składniki majątku, o których mowa w art. 16a-16c, wprowadza się do ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych zgodnie z art. 9 ust. 1, najpóźniej w miesiącu przekazania ich do używania. Późniejszy termin wprowadzenia uznaje się za ujawnienie środka trwałego lub wartości niematerialnej i prawnej, o których mowa w art. 16h ust. 1 pkt 4.

 

Zgodnie z art. 16e ust. 1 ustawy o CIT:

Jeżeli podatnicy nabędą lub wytworzą we własnym zakresie składniki majątku wymienione w art. 16a ust. 1 i art. 16b ust. 1, o wartości początkowej przekraczającej 10 000 zł, i ze względu na przewidywany przez nich okres używania równy lub krótszy niż rok nie zaliczą ich do środków trwałych albo wartości niematerialnych i prawnych, a faktyczny okres ich używania przekroczy rok, podatnicy są obowiązani, w pierwszym miesiącu następującym po miesiącu, w którym ten rok upłynął:

 1) zaliczyć te składniki do środków trwałych albo wartości niematerialnych i prawnych, przyjmując je do ewidencji w cenie nabycia albo koszcie wytworzenia;

 2) zmniejszyć koszty uzyskania przychodów o różnicę między ceną nabycia lub kosztem wytworzenia a kwotą odpisów amortyzacyjnych, przypadającą na okres ich dotychczasowego używania, obliczonych dla środków trwałych przy zastosowaniu stawek amortyzacyjnych określonych w Wykazie rocznych stawek amortyzacyjnych, stanowiącym załącznik nr 1 do ustawy, zwanym dalej "Wykazem stawek amortyzacyjnych", a dla wartości niematerialnych i prawnych przy zastosowaniu zasad określonych w art. 16m;

 3) stosować stawki amortyzacji, o których mowa w pkt 2, w całym okresie dokonywania odpisów amortyzacyjnych;

 4) wpłacić, w terminie do 20 dnia tego miesiąca, do urzędu skarbowego kwotę odsetek naliczonych od dnia zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów wydatków na nabycie lub wytworzenie we własnym zakresie składników majątku do dnia, w którym okres ich używania przekroczył rok, i naliczoną kwotę odsetek wykazać w zeznaniu, o którym mowa w art. 27 ust. 1; odsetki od różnicy, o której mowa w pkt 2, są naliczane według stawki odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych obowiązującej w dniu zaliczenia składnika majątku do środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych.

Jak wynika z powyższego, ustawodawca przewidział możliwość niezaliczania składników majątku wymienionych w art. 16a ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, do środków trwałych, pod warunkiem, że okres ich używania będzie równy lub krótszy niż rok. Natomiast w przypadku, gdyby mimo takich przewidywań, faktyczny okres użytkowania składników majątku przekroczy rok, wówczas podatnicy obowiązani są zaliczyć te składniki do środków trwałych, przyjmując je do stosownej ewidencji oraz postępować zgodnie z zasadami określonymi w cytowanej regulacji.

Stosownie do treści art. 16c pkt 2a ustawy o CIT:

Amortyzacji nie podlegają: budynki mieszkalne, lokale mieszkalne stanowiące odrębną nieruchomość, spółdzielcze własnościowe prawo do lokalu mieszkalnego oraz prawo do domu jednorodzinnego w spółdzielni mieszkaniowej.

Z opisu sprawy wynika, że (…)  2026 r. spółka X nabyła Nieruchomość A za kwotę (…) PLN na mocy umowy przenoszącej od osoby fizycznej prowadzącej działalność gospodarczą i będącej podatnikiem VAT. Wskazali Państwo, że powyższa nieruchomość została nabyta tylko po to aby w ramach Zamiany pozyskać inną nieruchomość przyległą do pozostałych posiadanych nieruchomości i w ten sposób powiększyć posiadany obszar  (…)

Planują Państwo, że wskazana wyżej Zamiana nastąpi pomiędzy Spółką X S.A oraz Y. Przedmiotem Transakcji Zamiany będzie odpowiednio:

- po stronie X: Prawo użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowej położonej (…), zwana dalej jako Nieruchomość A.

- po stronie Y: Prawo użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowych położonych (…), zwana dalej jako: Nieruchomość B.

W celu realizacji Zamiany Strony zawarły umowę przedwstępną zawierającą określone warunki, po spełnieniu których zawarta zostanie umowa przyrzeczona. Warunki te związane są z wymogami formalnoprawnymi (takie jak np. dokonanie wpisu do księgi wieczystej, uzyskanie zgody na dokonanie Zamiany przez odpowiednie instytucje), a także dotyczą przeprowadzenia prac adaptacyjnych przez X przed zamianą nieruchomości. Na podstawie umowy przyrzeczonej dojdzie do wzajemnego przeniesienia praw do określonych nieruchomości.

Wskazali Państwo również, że po zawarciu umowy przedwstępnej nabycia Nieruchomości A przez X, a jeszcze przed zawarciem ostatecznej umowy przenoszącej własność Nieruchomości na ten podmiot, większość umów najmu, została rozwiązana (nastąpiło to z dniem 31 grudnia 2025 r.).

Na Nieruchomości jako najemca pozostał podmiot, z którym jeszcze przez poprzedniego właściciela została zawarta umowa najmu na czas określony (tj. do 1 lutego 2028 r.), niemożliwa do rozwiązania przed czasem z perspektywy prawnej. Dodatkowo, na Nieruchomości jako najemca pozostał dotychczasowy właściciel Nieruchomości A, w przypadku którego chodziło o zapewnienie krótkiego okresu przejściowego, który pozwoliłby na znalezienie nowego odpowiedniego zaplecza biurowego dla celów prowadzonej działalności gospodarczej (najem ten ma jednak jedynie charakter tymczasowy i zostanie wkrótce zakończony). Powierzchnię na Nieruchomości wynajmują na moment składania niniejszego wniosku także 3 inne podmioty, które zwróciły się o pozostanie w charakterze najemcy na Nieruchomości A. Ponieważ rozwiązanie to nie kolidowało z planami X i Instytutu (do czasu rozpoczęcia Prac Adaptacyjnych Nieruchomość i tak pozostawałaby nieużytkowana przez X), a dodatkowo, X widzi szansę na nawiązanie współpracy z jednym z tych podmiotów w ramach Prac Adaptacyjnych, Strony postanowiły się przychylić do tej prośby - podmioty te zostaną jednak na tej Nieruchomości jedynie tymczasowo. X nie zawierało nowych, długoterminowych umów najmu z innymi podmiotami dotyczących Nieruchomości A w celu prowadzenia działalności polegającej na komercyjnym wynajmie tej nieruchomości i nie planuje takich umów zawierać, ani też poszukiwać nowych najemców. Utrzymanie obowiązujących umów najmu wynikało z treści zawartych wcześniej umów oraz z braku możliwości ich natychmiastowego rozwiązania, a także z uwarunkowań organizacyjnych związanych z planowaną realizacją Umowy Zamiany.

Wskazali Państwo również, że głównym celem nabycia Nieruchomości A nie było i nie jest ani jej używanie przez X na potrzeby związane z działalnością gospodarczą, ani czerpanie pożytków z umów najmu, lecz jej jak najszybsze zbycie w ramach zamiany.

Dodatkowo podkreślili Państwo również, że na dzień składania wniosku nie są w stanie precyzyjnie określić przewidywanego okresu posiadania Nieruchomości A. Okres ten uzależniony będzie w szczególności od przebiegu postępować administracyjnych, uzyskania wymaganych decyzji, zgód i pozwoleń związanych z planowanymi Pracami Adaptacyjnymi, a także od szeregu czynników formalnych, technicznych, organizacyjnych oraz biznesowych, w tym pozostających poza bezpośrednią kontrolą Spółki.

W świetle powyższych okoliczności należy uznać, że kluczowe znaczenie dla oceny wniosku ma całokształt sprawy. Podkreślić należy, iż pomimo tego, że przed zawarciem ostatecznej umowy przenoszącej własność Nieruchomości na Państwa większość umów najmu została rozwiązana to Nieruchomość nadal jest obciążona umowami najmu zawartymi z różnymi podmiotami. Wprawdzie część ma charakter tymczasowy, ale kluczowy pozostaje fakt, że nieruchomość w sposób ciągły jest wykorzystywana do prowadzenia działalności komercyjnej (wynajmu), a jedna z wiążących umów najmu obowiązuje aż do 1 lutego 2028 r.

W świetle art. 16a ust. 1 ustawy o CIT, oddanie nieruchomości do używania na podstawie umów najmu (z wieloma podmiotami) w połączeniu z horyzontem czasowym sięgającym 2028 r. jednoznacznie wyklucza możliwość traktowania tej nieruchomości jako towar handlowy. Okoliczność, że to nie Spółka zawarła umowy najmu, a wstąpiła w nie wyniku zakupu nieruchomości pozostaje bez znaczenie. Także wpływu na tą kwalifikację nie ma cel w jakim została zakupiona nieruchomość (dokonanie zamiany nieruchomości), bowiem umowy najmu są nadal kontynuowane przez Spółkę i nie wykluczone, że będą kontynuowane jeszcze po upływie roku od zakupu nieruchomości.

W analizowanej sprawie nie mamy do czynienia z sytuacją, że zakupiona nieruchomość nie jest w żaden sposób wykorzystywana przez Spółkę w działalności i czeka wyłącznie na dokonanie Transakcji zamiany.

Dodatkowo należy podkreślić, że wyznaczenie ostatecznego terminu dokonania Transakcji Zamiany jest bezpośrednio uzależnione od przebiegu skomplikowanych postępowań administracyjnych, uzyskania wymaganych decyzji, zgód, pozwoleń związanych z planowanymi pracami adaptacyjnymi, a także od szeregu innych czynników formalnych, technicznych i organizacyjnych.

Powyższa okoliczność w połączeniu z trwająca do 2028 r. umową najmu oraz obsługą pozostałych umów najmu stanowi obiektywną przesłankę do uznania wskazanej nieruchomości za środek trwały, gdyż opisana nieruchomość nie spełnia cech towaru handlowego.

W świetle powyższego, nabyta przez Państwa nieruchomość spełnia warunki zakwalifikowania jej jako środka trwałego w rozumieniu art. 16a ust. 1 ustawy o CIT.

Tym samym Państwa stanowisko w tym zakresie należy uznać za nieprawidłowe.

Kolejną Państwa wątpliwością jest ustalenie, czy podstawą opodatkowania pod kątem podatku CIT dla Instytutu, z tytułu dostawy nieruchomości w ramach Transakcji Zamiany, będzie różnica pomiędzy wartością Nieruchomości a niezamortyzowaną częścią wartości tej nieruchomości.

Aby odpowiedzieć na Państwa wątpliwości dotyczące opodatkowania Transakcji Zamiany, należy przeanalizować treść umowy zawartej pomiędzy stronami w kontekście przepisów ustawy z dnia 23 kwietnia 1964 r. Kodeks cywilny (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 795) i ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Kwestie dotyczące umów zamiany zostały uregulowane w przepisach art. 603 - 604 Kodeksu cywilnego.

W myśl art. 603 ustawy Kodeks cywilny:

Przez umowę zamiany każda ze stron zobowiązuje się przenieść na drugą stronę własność rzeczy w zamian za zobowiązanie się do przeniesienia własności innej rzeczy.

Ekwiwalentem w tym wypadku jest inna rzecz, a nie wartości pieniężne. Innym argumentem przemawiającym za tym, iż umowa zamiany stanowi odpłatną czynność prawną, jest art. 604 Kodeksu cywilnego, który stanowi, że:

Do zamiany stosuje się odpowiednio przepisy o sprzedaży.

Powyższy fakt ukazuje liczne podobieństwa między wskazanymi umowami, ograniczając różnicę między nimi jedynie do formy zapłaty, którą w przypadku umowy sprzedaży stanowi wartość pieniężna, a w przypadku umowy zamiany – inna rzecz.

Charakterystyczne dla umowy zamiany jest to, że podstawowe obowiązki obu stron i treść ich świadczeń są identyczne, różny jest jedynie przedmiot świadczeń każdej z nich. Przedmiotem zamiany, podobnie jak sprzedaży, mogą być rzeczy i ich zbiory, a także inne prawa majątkowe, z wyjątkiem pieniędzy.

Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych nie zawiera definicji umowy zamiany, dlatego też należy w tym względzie kierować się ww. przepisami Kodeksu cywilnego i rozliczyć skutki tej operacji na takich zasadach, jakie obowiązują wobec transakcji odpłatnego zbycia.

Oznacza to, że opisana w przedmiotowym wniosku Transakcja Zamiany stanowi dla Instytutu formę odpłatnego zbycia Nieruchomości B i jednocześnie odpłatnego nabycia Nieruchomości A.

O ile w przypadku umowy sprzedaży kupujący zobowiązuje się zapłacić sprzedającemu określoną cenę w zamian za nabywany towar, o tyle w przypadku zamiany, formą zapłaty jest uzyskanie innej rzeczy w zamian za wydaną. Umowa zamiany zawiera w sobie zatem niejako dwie umowy sprzedaży, w której każdej ze stron przysługują prawa i obciążają obowiązki, zarówno sprzedawcy, jak i kupującego.

Zarówno opisane powyżej odpłatne zbycie, jak i nabycie należy, pod kątem oceny skutków podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych, rozpatrywać oddzielnie.

W następstwie umowy zamiany mają miejsce dwie czynności. Z jednej strony dochodzi u każdej ze stron do odpłatnego zbycia nieruchomości, z drugiej natomiast każda ze stron nabywa nową nieruchomość. Należy przy tym zauważyć, iż opodatkowaniu podlega jedynie odpłatne zbycie a nabycie jest podatkowo obojętne.

Zgodnie z art. 7 ust. 1 ustawy o CIT,

przedmiotem opodatkowania podatkiem dochodowym jest dochód stanowiący sumę dochodu osiągniętego z zysków kapitałowych oraz dochodu osiągniętego z innych źródeł przychodów. W przypadkach, o których mowa w art. 21, art. 22 i art. 24b, przedmiotem opodatkowania jest przychód.

W myśl art. 7 ust. 2 ustawy o CIT:

dochodem ze źródła przychodów, z zastrzeżeniem art. 11c, art. 11i, art. 24a, art. 24b, art. 24ca art. 24d i art. 24f, jest nadwyżka sumy przychodów uzyskanych z tego źródła przychodów nad kosztami ich uzyskania, osiągnięta w roku podatkowym. Jeżeli koszty uzyskania przychodów przekraczają sumę przychodów, różnica jest stratą ze źródła przychodów.

Taka, a nie inna konstrukcja przepisu art. 7 ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych powoduje więc, że kluczowe znaczenie dla ustalenia zasad podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym kluczowe znaczenie ma w pierwszej kolejności prawidłowe określenie przychodu, a następnie kosztów jego uzyskania.

 

Zgodnie z art. 12 ust. 1 pkt 1 i 2 ustawy o CIT:

Przychodami, z zastrzeżeniem ust. 3 i 4 oraz art. 14, są w szczególności:

 1) otrzymane pieniądze, wartości pieniężne, w tym również różnice kursowe,

 2) wartość otrzymanych rzeczy lub praw, a także wartość innych świadczeń w naturze, w tym wartość rzeczy i praw otrzymanych nieodpłatnie lub częściowo odpłatnie, a także wartość innych nieodpłatnych lub częściowo odpłatnych świadczeń, z wyjątkiem świadczeń związanych z używaniem środków trwałych otrzymanych przez samorządowe zakłady budżetowe w rozumieniu ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych oraz spółki użyteczności publicznej z wyłącznym udziałem jednostek samorządu terytorialnego lub ich związków od Skarbu Państwa, jednostek samorządu terytorialnego lub ich związków w nieodpłatny zarząd lub używanie.

Natomiast w myśl art. 12 ust. 3 ustawy o CIT:

Za przychody związane z działalnością gospodarczą i z działami specjalnymi produkcji rolnej, osiągnięte w roku podatkowym, a także za przychody uzyskane z zysków kapitałowych, z wyłączeniem przychodów, o których mowa w art. 7b ust. 1 pkt 1, uważa się także należne przychody, choćby nie zostały jeszcze faktycznie otrzymane, po wyłączeniu wartości zwróconych towarów, udzielonych bonifikat i skont.

Zgodnie z art. 14 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych:

Przychodem z odpłatnego zbycia rzeczy, praw majątkowych lub świadczenia usług jest ich wartość wyrażona w cenie określonej w umowie. Jeżeli jednak cena bez uzasadnionych przyczyn ekonomicznych znacznie odbiega od wartości rynkowej tych rzeczy, praw lub usług, organ podatkowy określa ten przychód w wysokości wartości rynkowej.

Użycie przez ustawodawcę w cytowanym przepisie określenie „odpłatne zbycie” oznacza, że w zakresie obrotu rzeczami i prawami majątkowymi ustawodawca przewidział inne niż sprzedaż legalne formy odpłatnego przeniesienia własności, w tym między innymi zamianę.

Nie ma przy tym znaczenia, czy zamieniane nieruchomości, prawa mają taką samą wartość lub powierzchnię. Zamiana bowiem niezależnie od tego, czy przedmiotem zamiany są nieruchomości, prawa mające taką samą wartość, czy też nie, stanowi formę odpłatnego zbycia, przez co wywołuje określone skutki podatkowe.

Mając na uwadze powyższe, przychodem z odpłatnego zbycia rzeczy lub praw majątkowych, jest ich wartość wyrażona w cenie określonej w umowie. Jeżeli jednak cena bez uzasadnionej przyczyny ekonomicznej znacznie odbiega od wartości rynkowej tych rzeczy lub praw, należy określić ten przychód w wysokości wartości rynkowej.

Zatem przychodem dla Instytutu z tytułu zbycia prawa użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowej wraz z prawem własności posadowionych na nich budynków i budowli będzie ich wartość określona w umowie zamiany odpowiadająca wartości rynkowej zbywanego majątku.

Przechodząc natomiast do ustalenia kosztów uzyskania przychodów z tytuły przedmiotowej transakcji, należy odwołać się do art. 15 ust. 1 w związku z art. 16 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT.

Zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT,

kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów ze źródła przychodów lub w celu zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1. (…)

 

Natomiast na podstawie art. 16 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT:

Nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wydatków na:

 a) nabycie gruntów lub prawa wieczystego użytkowania gruntów, z wyjątkiem opłat za wieczyste użytkowanie gruntów,

 b) nabycie lub wytworzenie we własnym zakresie innych niż wymienione w lit. a środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, w tym również wchodzących w skład nabytego przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanych części,

 c) ulepszenie środków trwałych, które zgodnie z art. 16g ust. 13 powiększają wartość środków trwałych, stanowiącą podstawę naliczania odpisów amortyzacyjnych

   - wydatki te, zaktualizowane zgodnie z odrębnymi przepisami, pomniejszone o sumę odpisów amortyzacyjnych, o których mowa w art. 16h ust. 1 pkt 1, są jednak kosztem uzyskania przychodów, w przypadku odpłatnego zbycia środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych, bez względu na czas ich poniesienia.

Zgodnie z art. 15 ust. 6 ustawy o CIT:

Kosztem uzyskania przychodów są odpisy z tytułu zużycia środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych (odpisy amortyzacyjne) dokonywane zgodnie z art. 16a-16m (…).

Składniki majątku stanowiące środki trwałe i wartości niematerialne i prawne zostały wymienione przez ustawodawcę w art. 16a-16c ustawy o CIT.

 

I tak zgodnie z art. 16a ust. 1 ustawy o CIT:

Amortyzacji podlegają, z zastrzeżeniem art. 16c, stanowiące własność lub współwłasność podatnika, nabyte lub wytworzone we własnym zakresie, kompletne i zdatne do użytku w dniu przyjęcia do używania:

1) budowle, budynki oraz lokale będące odrębną własnością,

2) maszyny, urządzenia i środki transportu,

3) inne przedmioty

   - o przewidywanym okresie używania dłuższym niż rok, wykorzystywane przez podatnika na potrzeby związane z prowadzoną przez niego działalnością gospodarczą albo oddane do używania na podstawie umowy najmu, dzierżawy lub umowy określonej w art. 17a pkt 1, zwane środkami trwałymi.

Natomiast w myśl art. 16c pkt 1 ustawy o CIT:

Amortyzacji nie podlegają grunty i prawa wieczystego użytkowania gruntów.

Na podstawie przytoczonych wyżej przepisów należy wskazać, że kosztem uzyskania przychodu z odpłatnego zbycia (umowy zamiany) nieruchomości gruntowej (gruntu) zakwalifikowanej jako środek trwały są wydatki na nabycie gruntu bez względu na czas ich poniesienia (art. 16 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT). Jednakże nie będą pomniejszone o sumę odpisów amortyzacyjnych, ponieważ jak wynika z art. 16c pkt 1 ustawy o CIT oraz przedstawionego opisu sprawy nieruchomości gruntowe nie podlegają amortyzacji.

Jak wskazano wyżej, składniki majątku, o których mowa w art. 16a-16c wprowadza się do ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych zgodnie z art. 9 ust. 1 ustawy o CIT (art. 16d ust. 2 ustawy o CIT). Wprowadzenie składnika majątku do ewidencji wymaga ustalenia jego wartości początkowej. Za wartość początkową środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych uważa się w razie odpłatnego nabycia cenę ich nabycia (art. 16g ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT).

Z powyższych przepisów wynikają zatem odrębne zasady do ustalenia kosztów uzyskania przychodów dla poszczególnych składników majątku.

  - Budynki stanowią środki trwałe podlegające amortyzacji. Kosztem uzyskania przychodu przy ich zbyciu w drodze zamiany będą wydatki poniesione na ich nabycie lub wytworzenia, pomniejszone o sumę dokonanych odpisów amortyzacyjnych.

  - Prawo użytkowania wieczystego gruntu na mocy art. 16c pkt 1 ustawy o CIT nie podlega amortyzacji. W konsekwencji prawo to nie posiada „niezamortyzowanej części wartości początkowej”.

Z tego też względu nie można zgodzić się z Państwa twierdzeniem, że kosztem uzyskania przychodu dla całej nieruchomości jest wyłącznie jej niezamortyzowana część, gdyż pojęcie to odnosi się wyłącznie do budynków i budowli, a nie do prawa użytkowania wieczystego.

W konsekwencji, Państwa stanowisko zgodnie z którym, dochodem do opodatkowania w ramach Transakcji Zamiany będzie różnica pomiędzy wartością nieruchomości zbywanej (Nieruchomości B) a kosztem uzyskania przychodu z tytułu niezamortyzowanej części wartości zbywanej nieruchomości,

- w części dotyczącej budynków i budowli jest prawidłowe,

- w części dotyczącej użytkowania wieczystego gruntu jest nieprawidłowe.

Ostatnia Państwa wątpliwość w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych dotyczy ustalenia, czy różnica pomiędzy wartością Nieruchomości (B), a niezamortyzowaną częścią wartości tej nieruchomości będzie zwolniona z opodatkowania podatkiem CIT, jeśli nabywana nieruchomość (A) w ramach Transakcji Zamiany będzie służyła działalności zwolnionej.

Wskazać należy, że ustalony w powyższy sposób dochód z Transakcji Zamiany może być przedmiotem zwolnienia z opodatkowania, o którym mowa w art. 17 ust. 1 ustawy o CIT. Przepis ten zawiera bowiem katalog dochodów wolnych od podatku. Innymi słowy, wyłącza z podstawy opodatkowania dochody uzyskane z tytułów w nim wymienionych.

Zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT:

Wolne od podatku są dochody podatników, z zastrzeżeniem ust. 1c, których celem statutowym jest działalność naukowa, naukowo-techniczna, oświatowa, w tym również polegająca na kształceniu studentów, kulturalna, w zakresie kultury fizycznej i sportu, ochrony środowiska, wspierania inicjatyw społecznych na rzecz budowy dróg i sieci telekomunikacyjnej na wsi oraz zaopatrzenia wsi w wodę, dobroczynności, ochrony zdrowia i pomocy społecznej, rehabilitacji zawodowej i społecznej inwalidów oraz kultu religijnego - w części przeznaczonej na te cele.

Podkreślenia wymaga, że zwolnienie określone w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT, nie jest uzależnione od rodzaju uzyskiwanego dochodu, oprócz dochodów wymienionych w art. 17 ust. 1a ww. ustawy. Ważny jest bowiem cel na jaki ten dochód jest przeznaczony, a nie źródło jego pochodzenia, przy czym źródłem dochodów mogą być przykładowo dochody z działalności statutowej, z działalności gospodarczej.

 

Stosownie do art. 17 ust. 1a ustawy o CIT:

Zwolnienie, o którym mowa w ust. 1, dotyczące podatników przeznaczających dochody na cele statutowe lub inne cele określone w tym przepisie, nie dotyczy:

 1) dochodów uzyskanych z działalności polegającej na wytwarzaniu wyrobów przemysłu elektronicznego, paliwowego, tytoniowego, spirytusowego, winiarskiego, piwowarskiego, a także pozostałych wyrobów alkoholowych o zawartości alkoholu powyżej 1,5%, oraz wyrobów z metali szlachetnych albo z udziałem tych metali lub dochodów uzyskanych z handlu tymi wyrobami; zwolnieniem objęte są jednak dochody podmiotów, o których mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1, 2 i 4-8 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, uzyskane z działalności polegającej na wytwarzaniu wyrobów przemysłu elektronicznego;

                        1a) dochodów uzyskanych z działalności polegającej na oddaniu środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych do odpłatnego używania na warunkach określonych w art. 17a-17k; 

2) dochodów, bez względu na czas ich osiągnięcia, wydatkowanych na inne cele niż wymienione w tych przepisach.

Na podstawie art. 17 ust. 1b ustawy o CIT:

Zwolnienie, o którym mowa w ust. 1, dotyczące podatników przeznaczających dochody na cele statutowe lub inne cele określone w tym przepisie, ma zastosowanie, jeżeli dochód jest przeznaczony i - bez względu na termin - wydatkowany na cele określone w tym przepisie, w tym także na nabycie środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych służących bezpośrednio realizacji tych celów oraz na opłacenie podatków niestanowiących kosztu uzyskania przychodów, z zastrzeżeniem ust. 1 pkt 5a.

 

W myśl art. 17 ust. 1c ustawy o CIT:

Przepis ust. 1 pkt 4 nie ma zastosowania w:

 1) przedsiębiorstwach państwowych, spółdzielniach i spółkach;

 2) przedsiębiorstwach komunalnych mających osobowość prawną, dla których funkcję organu założycielskiego pełnią jednostki samorządu terytorialnego lub ich jednostki pomocnicze utworzone na podstawie odrębnych przepisów;

 3) samorządowych zakładach budżetowych oraz jednostkach organizacyjnych nieposiadających osobowości prawnej, będących podatnikami podatku dochodowego od osób prawnych - jeżeli przedmiotem ich działalności jest zaspokajanie potrzeb publicznych pośrednio związanych z ochroną środowiska w zakresie: wodociągów i kanalizacji, ścieków komunalnych, wysypisk i utylizacji odpadów komunalnych oraz transportu zbiorowego.

Należy mieć na uwadze, że przepisy ustanawiające zwolnienia i ulgi podatkowe w systemie polskiego prawa podatkowego są istotnym wyjątkiem od zasady sprawiedliwości podatkowej (powszechności i równości podatkowej), dlatego też muszą być stosowane w sposób ścisły i jakakolwiek wykładnia rozszerzająca w odniesieniu do przepisów dotyczących ww. preferencji podatkowych jest niedopuszczalna. Również określenie celów statutowych pod kątem uprawnień podatkowych musi być precyzyjne. Z podatkowego punktu widzenia chodzi bowiem o zwolnienie dochodu od podatku, a zatem zastosowanie instytucji będącej wyjątkiem od reguły, jaką jest opodatkowanie dochodów osób prawnych. Mając na uwadze brzmienie art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT, należy wskazać, że zastosowanie przedmiotowego zwolnienia będzie możliwe w przypadku spełnienia następujących warunków:

   - podatnik prowadzi działalność statutową we wskazanych powyżej zakresach (jego działalność statutowa odpowiada przynajmniej jednej z wymienionych powyżej),

   - podatnik nie zalicza się do podmiotów wymienionych w art. 17 ust. 1c ustawy o CIT,

   - podatnik przeznaczył oraz wydatkował, bez względu na termin, osiągnięte dochody na cel wskazany w statucie, odpowiadający celowi wskazanemu w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT.

Powyższe oznacza, że zastosowanie przedmiotowego zwolnienia zależy nie tylko od przeznaczenia osiągniętego dochodu na preferowane ustawą cele statutowe, ale także od faktycznego wydatkowania go na te cele. Użyte przez ustawodawcę w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT sformułowanie „w części przeznaczonej na te cele” oznacza, że jeżeli statut będzie przewidywał również realizację innych celów, niż wymienione w tym przepisie, to przeznaczenie dochodów podatnika na realizację tych „innych celów” nie będzie stanowiło podstawy do zwolnienia od opodatkowania.

Zatem, warunkiem skorzystania ze zwolnienia określonego w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT jest, aby cele przewidziane w statucie mieściły się w katalogu celów wymienionych w tym przepisie. Z regulacji art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT wynika zatem wprost, że podstawowym kryterium zastosowania przewidzianego w nim zwolnienia podatkowego jest przeznaczenie przez podatnika osiągniętego przez niego dochodu na preferowane i ściśle określone w przepisie cele, przy czym cele te muszą w sposób niebudzący wątpliwości wynikać z postanowień statutu danego podmiotu. Jednocześnie określenie „cel statutowy” oznacza cel, który został wyraźnie sprecyzowany w statucie danej osoby prawnej.

Przepis ten nie zawiera natomiast wymogu, aby wskazane w nim cele statutowe były głównymi czy też jedynymi celami działalności osoby prawnej. Jednak, aby podatnik, mógł skorzystać ze zwolnienia wynikającego z omawianego przepisu, musi zadeklarować, że osiągnięty przez niego dochód w całości lub w części przeznaczy na cele statutowe preferowane przez ustawodawcę i na te cele go faktycznie wydatkuje.

W tym miejscu należy podkreślić, że art. 17 ust. 1b ustawy o CIT wprost wskazuje, że zwolnienie będące przedmiotem rozważań ma zastosowanie, jeżeli dochód jest przeznaczony i – bez względu na termin – wydatkowany na cele określone w tym przepisie, w tym także na nabycie środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych służących bezpośrednio realizacji celów statutowych, zgodnych z regulacją art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT.

Zamiana nieruchomości stanowi zatem nabycie nowego środka trwałego. Wydatkiem ponoszonym za to nowe nabycie jest wartość wydawanego w zamian majątku. Skoro więc w wyniku tej transakcji nabywają Państwo środek trwały bezpośrednio służący celom statutowym, warunek „nabycia środka trwałego” z art. 17 ust. 1b ustawy o CIT zostaje spełniony.

Z opisu sprawy i jego uzupełnienia wynika, że Instytut realizuje cele w obszarze działalności naukowej i ochrony środowiska.

Ze Statutu Y, wynika że:

1. Przedmiotem działania Instytutu jest:

(…)

Wskazali Państwo również, że Y jest instytutem badawczym, pełniącym również rolę (…) Praktycznie cały przedmiot działalności Instytutu wskazany w § 3 ust. 1 i 2 Statutu wpisuje się w obszary zaznaczone w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT. Instytut wypełnia warunki do zastosowania zwolnienia z opodatkowania przewidziane w art. 17 ust 1a-1c ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Instytut zakłada, że nabywana nieruchomość A będzie służyła wyłącznie działalności statutowej. Jednakże, gdyby miała być prowadzona w przedmiotowej nieruchomości również działalność gospodarcza, wówczas Instytut w ewidencji księgowej wyodrębni konta dedykowane tylko dla działalności naukowej oraz tylko dla działalności gospodarczej – podany sposób ewidencji z uwzględnieniem podziału dla różnych działalności skutkujących zwolnieniem z podatku oraz opodatkowanych) jest stosowany w bieżącej działalności Instytutu.

W odniesieniu do przedstawionych wątpliwości, należy podkreślić, że zwolnienie, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT, dotyczy podatników, których celem statutowym jest określona w przepisie działalność.

W uzupełnieniu wniosku w odpowiedzi na pytanie „Jakie cele preferowane przez ustawodawcę, określone w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych realizuje Instytut” wyjaśnili Państwo, że „Instytut realizuje cele w obszarze: działalność naukowa i ochrona środowiska”.

Biorąc pod uwagę powyższe, stwierdzić zatem należy, że wskazane we wniosku i jego uzupełnieniu cele statutowe Instytutu są zbieżne z celami preferowanymi przez ustawodawcę w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT. Ponadto Instytut wypełnia warunki do zastosowania zwolnienia z opodatkowania przewidziane w art. 17 ust. 1a-1c ustawy o CIT.

Wobec powyższego, stwierdzić należy, że dochód osiągnięty przez Instytut z tytuły zbycia Nieruchomości B w drodze Transakcji Zamiany w zakresie w jakim przeznaczony zostanie na ww. cele statutowe, będzie zwolniony z podatku dochodowego od osób prawnych.

Tym samym Państwa stanowisko w tym zakresie należało uznać za prawidłowe.

 

Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia

Interpretacja dotyczy wyłącznie podatku dochodowego od osób prawnych. W zakresie podatku od towarów i usług i podatku od czynności cywilnoprawnych zostaną wydane odrębne rozstrzygnięcia.

Interpretacja dotyczy zdarzenia przyszłego, które Państwo przedstawili i stanu prawnego, który obowiązujące w dniu wydania interpretacji.

Interpretacja indywidualna wywołuje skutki prawnopodatkowe tylko wtedy, gdy rzeczywisty stan faktyczny sprawy będącej przedmiotem interpretacji pokrywał się będzie z opisem zdarzenia przyszłego podanego przez Państwa w złożonym wniosku. W związku z powyższym, w przypadku zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego we wniosku opisu sprawy, udzielona odpowiedź traci swoją aktualność.

Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji

  - Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 622 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego i zastosują się Państwo do interpretacji.

  - Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:

Przepisów art. 14k-14n Ordynacji podatkowej nie stosuje się, jeżeli stan faktyczny lub zdarzenie przyszłe będące przedmiotem interpretacji indywidualnej stanowi element czynności będących przedmiotem decyzji wydanej:

1) z zastosowaniem art. 119a;

2) w związku z wystąpieniem nadużycia prawa, o którym mowa w art. 5 ust. 5 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług;

3) z zastosowaniem środków ograniczających umowne korzyści.

  - Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:

Przepisów art. 14k-14n nie stosuje się, jeżeli korzyść podatkowa, stwierdzona w decyzjach wymienionych w § 1, jest skutkiem zastosowania się do utrwalonej praktyki interpretacyjnej, interpretacji ogólnej lub objaśnień podatkowych.

Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację przez Zainteresowanego, który jest stroną postępowania

x (Zainteresowany będący stroną postępowania – art. 14r § 2 Ordynacji podatkowej) ma prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (…). Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.; dalej jako „PPSA”).

Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):

  - w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo

  - w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).

Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej.

Źródło: system EUREKA Ministerstwa Finansów (Krajowa Informacja Skarbowa) ↗. Dokument urzędowy — nie stanowi przedmiotu prawa autorskiego (art. 4 ustawy o prawie autorskim i prawach pokrewnych).

Interpretacja indywidualna chroni wyłącznie wnioskodawcę, któremu została wydana, i tylko w zakresie, w jakim stan faktyczny lub zdarzenie przyszłe odpowiada opisowi z wniosku. Dla innych podatników ma charakter informacyjny.

Interpretacja a sytuacja podatnika

Stanowisko organu przedstawione w interpretacji dotyczy stanu faktycznego opisanego we wniosku. Ocena, czy odnosi się ono do sytuacji innego podatnika, wymaga analizy jego dokumentów — w ramach obsługi księgowej zajmuje się tym biuro.