0113-KDIPT1-3.4012.746.2025.9.JM

Interpretacja indywidualna po wyroku sądu – stanowisko prawidłowe

Szanowni Państwo,

1.  ponownie rozpatruję sprawę Państwa wniosku z 16 czerwca 2025 r. (wpływ 16 czerwca 2025 r.) o wydanie interpretacji indywidualnej w części dotyczącej sposobu dokonania korekty faktury zawierającej błędne lub niepełne dane dotyczące jednostki organizacyjnej jednostki samorządu terytorialnego, która wykazana byłaby na fakturze jako odbiorca, w polu „podmiot trzeci”, wystawionej w systemie KSeF oraz ustalenia okresu rozliczeniowego, w którym sprzedawca powinien ująć fakturę korygującą – uwzględniam przy tym prawomocny wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z 30 stycznia 2026 r. sygn. akt I SA/Kr 805/25; i

2.  stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego zdarzenia przyszłego w podatku od towarów i usług w części dotyczącej sposobu dokonania korekty faktury zawierającej błędne lub niepełne dane dotyczące jednostki organizacyjnej jednostki samorządu terytorialnego, która wykazana byłaby na fakturze jako odbiorca, w polu „podmiot trzeci”, wystawionej w systemie KSeF oraz ustalenia okresu rozliczeniowego, w którym sprzedawca powinien ująć fakturę korygującą jest prawidłowe.

Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej

16 czerwca 2025 r. wpłynął Państwa wniosek z 16 czerwca 2025 r. o wydanie interpretacji indywidualnej, który dotyczy:

·      sposobu dokonania korekty faktury zawierającej błędne lub niepełne dane dotyczące jednostki organizacyjnej jednostki samorządu terytorialnego, która wykazana byłaby na fakturze jako odbiorca, w polu „podmiot trzeci”, wystawionej w systemie KSeF,

·      ustalenia okresu rozliczeniowego, w którym sprzedawca powinien ująć fakturę korygującą,

·      możliwości wyboru, że tylko jedna z Państwa jednostek organizacyjnych będzie mogła otrzymywać i wystawiać faktury w ramach KSeF w okresie fakultatywnym.

Treść wniosku jest następująca:

Opis zdarzenia przyszłego

Gmina Miejska A (dalej: GMK lub Gmina) jest jednostką samorządu terytorialnego zarejestrowaną jako czynny podatnik podatku od towarów i usług.

Z dniem 1.01.2017 r., zgodnie z art. 3 ustawy z dnia 5.09.2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizacje projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego (Dz.U. z 2018 r. poz. 280) GMK dokonała centralizacji rozliczeń VAT wraz ze swoimi jednostkami budżetowymi (dalej: Jednostki Organizacyjne GMK, lub Jednostki GMK lub Jednostki).

Mając na uwadze fakt, iż Gmina będąc uczestnikiem obrotu gospodarczego jako podatnik VAT jest zobligowana do wystawiania i otrzymywania faktur, z uwagi na swoją złożoną strukturę organizacyjną na wystawianych przez nią fakturach oprócz wskazania „Sprzedawcy” (czyli Gminy Miejskiej A i jej NIPu, pod którym działa jako podatnik VAT) stosuje zasadę, że na fakturach wskazywana winna być dodatkowo jej Jednostka Organizacyjna, w ramach działalności której dokonywana jest dana sprzedaż, określana jako „Wystawca”. W sytuacji gdy z kolei wystawiane są dla niej faktury przez innych podatników VAT, każdorazowo – na jej prośbę – kontrahenci oprócz wskazania „Nabywcy” (którym jest GMK), wskazują również „Odbiorcę”, którym jest Jednostka Organizacyjna GMK, w ramach działalności której dokonywany jest dany zakup. Jednostki określane jako „Wystawca” czy „Odbiorca” wskazywane są na fakturach przez podanie ich nazwy i adresu.

Dzięki tym zasadom wystawiane i otrzymywane faktury są powiązane z działalnością konkretnej Jednostki, co ma znaczenie również z tego względu, iż za dokonywane zakupy poszczególne Jednostki płacą ze środków budżetowych będących w ich dyspozycji, a dochody wynikające z wystawionych faktur są uznawane jako dochody budżetowe danej Jednostki.

Od 1 lutego 2026 r. w wyniku nowelizacji przepisów o podatku od towarów i usług, podatnicy VAT będą zobowiązani do fakturowania w ramach Krajowego Systemu e-Faktur (dalej: KSeF) czyli platformy do wystawiania i otrzymywania faktur ustrukturyzowanych drogą elektroniczną. Aktualnie wystawianie i otrzymywanie faktur w ramach KSeF ma charakter fakultatywny.

Aby jednak system ten prawidłowo funkcjonował w odniesieniu do podmiotów o tak złożonych strukturach jakimi są jednostki samorządu terytorialnego (dalej: JST), niezbędne jest zapewnienie dostępu w ramach KSeF do faktur wystawianych dla takich podmiotów przez ich finalnych odbiorców, a więc przez poszczególne jednostki organizacyjne scentralizowane dla celów VAT (dalej: jednostki organizacyjne lub jednostki), pracownikom których będą nadawane uprawnienia jedynie do faktur dotyczących danej jednostki.

W ramach KSeF przewiduje się, iż dla faktur wystawianych i otrzymywanych przez JST, w celu rozróżnienia jakiej jednostki organizacyjnej JST dotyczy dana faktura ustrukturyzowana, tj. ustalenia która jednostka jest wystawcą danej faktury sprzedaży lub odbiorcą danej faktury zakupu, winna być podana w odpowiednim polu faktury nazwa i NIP tzw. podmiotu trzeciego. Chodzi w tym przypadku o wskazanie w tym polu jednostki organizacyjnej JST, w tym jej nazwy i jej numeru NIP, którym posługuje się ona do identyfikacji jako płatnik podatku dochodowego od osób fizycznych i ubezpieczeń społecznych w związku z pozostawaniem odrębnymi zakładami pracy (dalej:NIP stosowany jako płatnik PIT).

GMK zamierza zatem stosować tą zasadę w odniesieniu do wystawianych przez nią faktur sprzedaży, tj. wskazywać, tak jak dotychczas, na wystawianych fakturach sprzedaży jako sprzedawcę: GMK wraz z jej NIP-em (właściwym do scentralizowanych rozliczeń podatku VAT), a jako wystawcę: Jednostkę Organizacyjną i dodatkowo dla potrzeb rozróżnienia w KSeF, NIP właściwy dla tej Jednostki stosowany przez nią jako płatnika PIT. A jeśli Gmina będzie wystawiać fakturę dla innej jednostki samorządu terytorialnego, na fakturach ustrukturyzowanych wskazywać będzie jako nabywcę: określoną JST i jej NIP, a w polu podmiotu trzeciego jako odbiorcę: jednostkę organizacyjną danej JST i jej NIP stosowany jako płatnik PIT. Również na fakturach otrzymywanych przez Gminę niezbędne będzie wskazywanie w polu dotyczącym podmiotu trzeciego nazwy i NIP danej Jednostki GMK, w ramach działalności której dokonywany jest dany zakup, by faktury mogły zostać skutecznie odebrane przez pracowników właściwych Jednostek Organizacyjnych Gminy, a więc by mogły być im udostępnione w ramach KSeF zgodnie z posiadanymi przez nich uprawnieniami.

Mając na względzie powyższe, Gmina zainteresowana jest potwierdzeniem sposobu oraz skutków skorygowania faktury wystawionej w ramach KSeF, w przypadkach, gdy na fakturze pierwotnej zostanie wykazany wprawdzie prawidłowy nabywca i jego NIP (jako podatnika VAT), ale zostanie podana błędna nazwa lub NIP dotyczący jednostki organizacyjnej JST wykazywanej jako podmiot trzeci, tj. jako jednostka odbierająca JST, lub jeśli w ogóle nie zostanie wskazany NIP takiej Jednostki, albo w ogóle nie zostanie wskazany ani jej nazwa ani NIP. Skorygowanie takiej faktury będzie niezbędne, gdyż w przypadku błędnego wskazania NIP jednostki odbierającej na fakturze przesłanej w KSeF faktura ta nie będzie dostępna w systemie KSeF dla pracowników jednostki organizacyjnej JST będącej faktycznym odbiorcą tej faktury.

W tym stanie faktycznym Gmina ma wątpliwości czy faktura zawierająca błąd (lub brak), o którym wyżej mowa, winna być skorygowana do zera, a następnie winna być wystawiona nowa faktura zawierająca prawidłowe dane zarówno nabywcy (JST) jak i jednostki organizacyjnej JST jako podmiotu trzeciego, czy też korekta winna polegać wyłącznie na poprawie danych podmiotu trzeciego. Wymaga również ustalenia, w którym okresie rozliczeniowym winna być uwzględniona faktura korygująca, o której wyżej mowa.

Z uwagi na fakt, iż Gmina rozważa również częściowe wystawianie i otrzymywanie faktur przy wykorzystaniu KSeF w okresie, gdy jego stosowanie ma charakter fakultatywny, powzięła wątpliwości czy może wystawiać i odbierać faktury ustrukturyzowane wystawiane w KSeF tylko częściowo, a więc tylko w zakresie działalności wybranej Jednostki Organizacyjnej GMK (lub kilku wybranych Jednostek) i wybranego kontrahenta (lub kilku wybranych kontrahentów). Oznaczać by to jednak musiało, że faktury dla danego kontrahenta, który - zgodnie z art. 106na ust. 2 ustawy o VAT - wyraził zgodę na otrzymywanie faktur w ramach KSeF, byłyby wystawiane dla niego w tym systemie tylko przez tą jedną Jednostkę Gminy, a inne jej Jednostki, mimo że też wystawiałyby faktury dla tego samego kontrahenta, nie miałyby obowiązku wystawiać ich w ramach KSeF. I podobna wątpliwość dotyczy odbierania faktur w ramach KSeF. A mianowicie jeśli jedna Jednostka GMK wyrazi zgodę na podstawie ww. przepisu na otrzymywanie faktur ustrukturyzowanych w ramach KSeF, czy oznacza to, że zgoda ta może dotyczyć tylko tej jednej Jednostki, mimo że dany kontrahent wystawia dla Gminy faktury, których odbiorcami są także inne jej Jednostki Organizacyjne (np. dostawca energii elektrycznej).

Pytania

1.  Czy w przypadku wystawienia w systemie KSeF faktury zawierającej błędne lub niepełne dane dotyczące jednostki organizacyjnej jednostki samorządu terytorialnego, która wykazana byłaby na fakturze jako odbiorca, w polu „podmiot trzeci” (czyli na fakturze podana byłaby błędna nazwa danej jednostki organizacyjnej JST lub błędny NIP stosowany przez nią jako płatnika PIT, albo NIP ten nie zostałby podany), to czy należy skorygować taką fakturę do zera i wystawić nową fakturę z prawidłowymi danymi?

2.  W którym miesiącu sprzedawca winien ująć do rozliczenia VAT fakturę korygującą wystawioną w sytuacji, o której mowa w pytaniu nr 1, jeśli faktura korygująca nie została wystawiona w tym samym miesiącu co faktura pierwotna?

Państwa stanowisko w sprawie

Stanowisko Gminy

1.  W przypadku gdy na fakturze wystawionej w KSeF zostanie błędnie wskazana jednostka organizacyjna JST (jako podmiot trzeci) tj. błędnie zostanie podana jej nazwa lub NIP (stosowany przez nią jako płatnika PIT), albo w ogóle nie zostanie podany NIP tej jednostki, to jeśli faktura została wystawiona na prawidłowego nabywcę, wówczas w fakturze korygującej należy zmienić jedynie dane dotyczące nieprawidłowej nazwy lub NIP jednostki organizacyjnej JST lub uzupełnić ten NIP danej jednostki.

2.  Mając na uwadze, że na podstawie faktury korygującej zmianie ulegną jedynie dane jednostki organizacyjnej JST jako odbiorcy faktury, a nie nabywcy zafakturowanych towarów lub usług, taka faktura korygująca nie podlega odrębnemu wykazaniu w ewidencji prowadzonej dla celów VAT. Faktura korygująca, o której mowa, winna być przechowywana jako dokument źródłowy wraz z fakturą pierwotną.

Uzasadnienie stanowiska Gminy

Ad. 1

Zasady dotyczące fakturowania i korygowania faktur zostały zawarte w przepisach art. 106a-106r ustawy o VAT.

Stosownie do art. 106b ust. 1 pkt 1 ww. ustawy, podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą sprzedaż, a także dostawę towarów i świadczenie usług, o których mowa w art. 106a pkt 2, dokonywane przez niego na rzecz innego podatnika podatku, podatku od wartości dodanej lub podatku o podobnym charakterze lub na rzecz osoby prawnej niebędącej podatnikiem.

Faktury są dokumentami potwierdzającymi transakcje gospodarcze dokonywane przez podatnika VAT, dlatego też istotna jest prawidłowa identyfikacja stron takich transakcji. Dokonywane jest to zgodnie z art. 106e ust. 1 pkt 3 – 5 ustawy o VAT, które to przepisy stanowią, iż faktura powinna zawierać m.in. imiona i nazwiska lub nazwy podatnika (sprzedawcy) i nabywcy oraz ich adresy. Jako sprzedawca i nabywca powinni być wskazani faktyczni uczestnicy transakcji.

W myśl art. 106j ust. 1 ustawy o VAT, w przypadku gdy po wystawieniu faktury:

·      podstawa opodatkowania lub kwota podatku wskazana w fakturze uległa zmianie (pkt 1),

·      dokonano zwrotu podatnikowi towarów i opakowań (pkt 3),

·      dokonano zwrotu nabywcy całości lub części zapłaty (pkt 4),

·      stwierdzono pomyłkę w jakiejkolwiek pozycji faktury (pkt 5)

podatnik wystawia fakturę korygującą.

Oznacza to, że jeżeli po wystawieniu faktury wystąpią zdarzenia mające wpływ na treść wystawionej faktury lub okaże się, że wystawiona faktura zawiera błędy lub brak w niej istotnych informacji, podatnik wystawia w takim przypadku fakturę korygującą. Zatem faktura korygująca wystawiana jest w celu podania prawidłowych kwot i innych danych decydujących o rzetelności wystawionego dokumentu oraz innych informacji niezbędnych dla identyfikacji uczestników transakcji lub niezbędnych dla celów rozliczenia z kontrahentem.

Mając na uwadze powyższe przepisy prawne, zdaniem Gminy w przypadku, gdy wystawi ona w ramach KSeF fakturę sprzedaży na rzecz innej JST, na której jako nabywca zostanie prawidłowo wykazana nazwa danej jednostki samorządu terytorialnego i zostanie podany jej numer NIP jako podatnika VAT (właściwego dla scentralizowanych rozliczeń VAT) a brak będzie jedynie wykazania NIPu jednostki organizacyjnej danej JST jako odbiorcy faktury (właściwego dla niej jako płatnika PIT) lub będzie on nieprawidłowy, albo nieprawidłowo zostanie podana nazwa tej jednostki, to w celu skorygowania takich danych Gmina będzie zobowiązana wystawić fakturę korygującą w zakresie tych danych.

Tak samo, gdy Gmina otrzyma w ramach KSeF fakturę zakupu, na której jako nabywca zostanie prawidłowo wykazana jej nazwa z jej numer NIP jako podatnika VAT a brak będzie jedynie wykazania NIPu Jednostki Organizacyjnej Gminy jako odbiorcy (właściwego dla niej jako płatnika PIT) lub będzie on nieprawidłowy, albo nieprawidłowo zostanie podana nazwa tej Jednostki, to w celu skorygowania takich danych, sprzedawca – na wniosek Gminy – będzie zobowiązany wystawić fakturę korygującą w zakresie tych danych.

Nieprawidłowym sposobem korekty tych danych byłoby jednak skorygowanie takich faktur „do zera” i wystawienie nowych faktur z prawidłowymi danymi w zakresie podmiotu trzeciego. Taki sposób korekty dotyczyć by mógł jedynie sytuacji, gdy na fakturze nieprawidłowo zostanie wskazany nabywca. W przypadku bowiem, gdy wystawiona została faktura na podmiot, który w rzeczywistości nie był stroną transakcji - nie nabył faktycznie towaru/usługi - skorygowanie tego błędu powinno nastąpić właśnie poprzez wystawienie faktury korygującej „do zera”. Podmiot, który ją otrzymał i figuruje na dokumencie jako nabywca nie był bowiem w takim przypadku stroną transakcji.

Potwierdzeniem powyższego jest stanowisko Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej wyrażone w interpretacji indywidualnej nr 0114-KDIP1-1.4012.245.2024.2.MŻ z 24.06.2024 r., w której wskazano, że: „w sytuacji, gdy wystawiona zostanie faktura lub faktura korygująca na podmiot, który nie był faktycznym odbiorcą towaru lub usługi od Państwa, i który to dokument został do niego doręczony, naprawienie błędu powinno nastąpić poprzez wystawienie faktury korygującej „do zera”, a następnie wystawienie nowej faktury lub faktury korygującej na rzecz rzeczywistego podatnika, z którym doszło do transakcji gospodarczej”.

W sytuacji opisanej w przedmiotowym wniosku dochodzi do realizacji transakcji na rzecz Gminy lub innego JST, a wystawiona faktura dokumentuje faktycznie zrealizowaną transakcję dla wskazanego na niej nabywcy. Zatem nieuzasadnione byłoby korygowanie danych odbiorcy faktury, którym w tym przypadku jest jednostka organizacyjna JST, poprzez wystawienie faktury korygującej „do zera”. Korekta danych jednostki organizacyjnej JST (jako tzw. podmiotu trzeciego) winna nastąpić poprzez wystawienie faktury korygującej zmieniającej jedynie dane tej jednostki.

Wprawdzie taki sposób korekty danych i/lub NIPu jednostki organizacyjnej stosującej ten NIP jako płatnik PIT, nie zapewni skutecznego otrzymania faktury pierwotnej w KSeF dla jednostki organizacyjnej GMK lub jednostki organizacyjnej innej JST, jednak w świetle obowiązujących przepisów nieprawidłowym byłoby wystawianie faktur korygujących „do zera” i wystawianie nowych faktur z prawidłowym NIP tej jednostki (jako „podmiotu trzeciego”) dla zapewnienia skutecznego dostarczenia faktur w KSeF dla jednostki organizacyjnej JST.

Ad. 2

W ewidencji VAT wykazywane są jedynie te faktury lub inne dowody, które mają wpływ na rozliczenie podatku VAT przez danego podatnika. Wynika to z art. 109 ust. 3 ustawy o VAT, na mocy którego uregulowano, że podatnicy obowiązani są prowadzić ewidencję zawierającą dane pozwalające na prawidłowe rozliczenie podatku i sporządzenie informacji podsumowującej, w szczególności dane dotyczące:

1.  rodzaju sprzedaży i podstawy opodatkowania, wysokości kwoty podatku należnego, w tym korekty podatku należnego, z podziałem na stawki podatku;

2.  kwoty podatku naliczonego obniżającego kwotę podatku należnego, w tym korekty podatku naliczonego;

3.  kontrahentów;

4.  dowodów sprzedaży i zakupów.

Jeśli zatem wystawiona byłaby w ramach KSeF faktura korygująca, na podstawie której zmianie uległyby tylko dane jednostki organizacyjnej JST jako odbiorcy faktury (które nie podlegają uwzględnieniu w ewidencji VAT), a dane nabywcy zafakturowanych towarów lub usług pozostałyby bez zmiany, to taka faktura korygująca nie podlega odrębnemu wykazaniu w ewidencji prowadzonej dla celów VAT. Faktura korygująca, o której mowa, winna być przechowywana jako dokument źródłowy wraz z fakturą pierwotną. Nie ma zatem też znaczenia (dla celów rozliczeniowych) czy taka faktura korygująca byłaby wystawiona w tym samym miesiącu co faktura pierwotna czy też nie.

Jeśli jednak – zdaniem Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej – w opisanej sytuacji dotyczącej błędu w odniesieniu do danych jednostki organizacyjnej JST wykazywanej na fakturze wystawianej w KSeF jako tzw. podmiotu trzeciego, winna być wystawiona faktura korygująca „do zera” i wystawiona winna być nowa faktura, to zdaniem Gminy, odpowiednim okresem rozliczeniowym, w którym należy zaewidencjonować taką fakturę korygującą – jest okres, w którym ta faktura korygująca została wystawiona, zgodnie z art. 29a ust. 13 w związku z ust. 14 ustawy o VAT.

Dotyczy to również przypadku, gdy taka faktura korygująca została wystawiona w innym miesiącu niż faktura pierwotna. Natomiast nowa faktura dokumentująca sprzedaż objętą skorygowaną fakturą winna być ujęta, w rozliczeniu za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy z tytułu danej sprzedaży, a więc co do zasady za okres, w którym uwzględniona była faktura pierwotna.

Postanowienie

W sprawie Państwa wniosku 13 sierpnia 2025 r. wydałem postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania znak: 0113-KDIPT1-3.4012.746.2025.1.MWJ w części dotyczącej:

·      sposobu dokonania korekty faktury zawierającej błędne lub niepełne dane dotyczące jednostki organizacyjnej jednostki samorządu terytorialnego, która wykazana byłaby na fakturze jako odbiorca, w polu „podmiot trzeci”, wystawionej w systemie KSeF,

·      ustalenia okresu rozliczeniowego, w którym sprzedawca powinien ująć fakturę korygującą.

Postanowienie doręczono Państwu 13 sierpnia 2025 r.

Natomiast w sprawie Państwa wniosku w części dotyczącej możliwości wyboru, że tylko jedna z Państwa jednostek organizacyjnych będzie mogła otrzymywać i wystawiać faktury w ramach KSeF w okresie fakultatywnym 13 sierpnia 2025 r. wydałem interpretację znak: 0113-KDIPT1-3.4012.658.2025.1.MWJ.

Interpretację doręczono Państwu 13 sierpnia 2025 r.

Na powyższe postanowienie, pismem z 20 sierpnia 2025 r. (wpływ 20 sierpnia 2025 r.), wnieśli Państwo zażalenie.

W ww. zażaleniu wnieśli Państwo o uchylenie ww. postanowienia w całości i wydanie interpretacji indywidualnej we wnioskowanym przez Państwa zakresie.

Po rozpatrzeniu ww. zażalenia, postanowieniem z 16 października 2025 r. znak: 0113-KDIPT1-3.4012.746.2025.2.JM utrzymałem w mocy zaskarżone postanowienie z 13 sierpnia 2025 r. znak: 0113-KDIPT1-3.4012.746.2025.1.MWJ.

Postanowienie doręczono Państwu 16 października 2025 r.

Skarga na postanowienie

Na ww. postanowienie z 16 października 2025 r. znak: 0113-KDIPT1-3.4012.746.2025.2.JM wnieśli Państwo skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie.

Wnieśli Państwo o:

·      uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia z 16 października 2025 r. sygn. 0113-KDIPT1-3.4012.746.2025.2.JM, a także poprzedzającego go postanowienia z 13 sierpnia 2025 r. sygn. 0113-KDIPT1-3.4012.746.2025.1.MWJ, jak też zobowiązanie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej do wydania interpretacji indywidualnej w zakresie sformułowanym przez Skarżącą we wniosku z dnia 16 czerwca 2025 r.;

·      zasądzenie od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na Państwa rzecz zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm prawem przepisanych.

Postępowanie przed sądem administracyjnym

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie uchylił zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie z 13 sierpnia 2025 r. znak: 0113-KDIPT1-3.4012.746.2025.1.MWJ – wyrokiem z 30 stycznia 2026 r. sygn. akt I SA/Kr 805/25.

Wyrok, który uchylił postanowienie z 16 października 2025 r. znak: 0113-KDIPT1-3.4012.746.2025.2.JM oraz poprzedzające je postanowienie z 13 sierpnia 2025 r. znak: 0113-KDIPT1-3.4012.746.2025.1.MWJ stał się prawomocny od 12 maja 2026 r.

Ww. wyrok wpłynął do mnie 13 lipca 2026 r.

Wojewódzki Sąd Administracyjny Krakowie w wyroku z 31 stycznia 2026 r. sygn. akt I SA/Kr 805/25 zapadłym w analizowanej sprawie stwierdził, że:

Ponowne rozpatrzenie wniosku – wykonanie wyroku

Zgodnie z art. 153 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz.U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.):

Wykonuję obowiązek, który wynika z tego przepisu, tj.:

•      uwzględniam ocenę prawną i wskazania dotyczące postępowania, które wyraził Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w ww. wyroku;

•      ponownie rozpatruję Państwa wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej – stwierdzam, że stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku w części dotyczącej sposobu dokonania korekty faktury zawierającej błędne lub niepełne dane dotyczące jednostki organizacyjnej jednostki samorządu terytorialnego, która wykazana byłaby na fakturze jako odbiorca, w polu „podmiot trzeci”, wystawionej w systemie KSeF oraz ustalenia okresu rozliczeniowego, w którym sprzedawca powinien ująć fakturę korygującą jest prawidłowe.

Uzasadnienie interpretacji indywidualnej

Na wstępie zaznaczam, że tę interpretację oparłem na przepisach prawa podatkowego obowiązujących w dacie wydania postanowienia o odmowie wszczęcia postępowania w przedstawionym we wniosku zdarzeniu przyszłym, bowiem ta interpretacja stanowi ponowne rozstrzygnięcie tej samej sprawy w wyniku prawomocnego wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z 30 stycznia 2026 r. sygn. akt I SA/Kr 805/25.

Zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.), zwanej dalej „ustawą”:

Zgodnie z art. 2 pkt 22 ustawy:

Zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy:

W świetle art. 29a ust. 10 ustawy:

W myśl art. 29a ust. 13 ustawy:

Na podstawie art. 29a ust. 13a ustawy:

W myśl art. 29a ust. 13b ustawy:

Stosownie do art. 29a ust. 13c ustawy:

Jak stanowi art. 29a ust. 14 ustawy:

Na podstawie art. 29a ust. 15 ustawy:

Mając na uwadze przywołane wyżej przepisy prawa stwierdzić należy, że art. 29a ust. 13-13c ustawy odnosi się do sytuacji, w której w wyniku korekty faktury zmniejsza się podstawa opodatkowania.

Zgodnie natomiast z art. 29a ust. 17 ustawy:

Art. 2 pkt 31 ustawy stanowi, że:

Według art. 2 pkt 32a ustawy:

Odnośnie udokumentowania zdarzeń poprzez wystawienie faktur, należy wskazać, że w myśl art. 106 ust. 1 ustawy:

W myśl art. 106ba ustawy:

Zgodnie z art. 106ga ust. 1 ustawy:

Zgodnie z art. 106ga ust. 2 ustawy:

W świetle przepisów dotyczących podatku od towarów i usług, faktury są dokumentami potwierdzającymi rzeczywiste transakcje gospodarcze dokonywane przez podatnika. Faktura pełni szczególną rolę dowodową w prawidłowym wymiarze podatku VAT, dlatego też niezwykle istotne jest prawidłowe oznaczenie wszystkich elementów faktury.

W myśl art. 106gb ust. 8 ustawy:

Faktura jest dokumentem potwierdzającym zaistnienie zdarzenia gospodarczego (potwierdzeniem nabycia określonych towarów i usług lub też otrzymania zaliczki). Wystawienie faktury należy rozumieć jako sporządzenie ww. dokumentu oraz jego przekazanie innemu podmiotowi (nabywcy), a przez to wprowadzenie faktury do obrotu prawnego.

W praktyce zdarzają się jednakże sytuacje, gdy po wystawieniu faktury następują zdarzenia gospodarcze mające wpływ na treść pierwotnej faktury lub faktura zawiera błędy. W takiej sytuacji ustawodawca wskazuje na obowiązek skorygowania takiej faktury przez wystawienie faktury korygującej.

Zasady dotyczące wystawiania faktur oraz faktur korygujących zostały określone w przepisach ustawy.

Zgodnie z art. 106e ust. 1 ustawy:

W strukturze logicznej FA(3) zostało wprowadzone rozwiązanie, które polega na konieczności wypełnienia w elemencie Podmiot2 (tj. w danych nabywcy) znacznika JST. Podatnik, który będzie wystawiał fakturę, będzie zobligowany do wskazania w niej, czy dotyczy ona jednostki podrzędnej JST. Odbywać się to będzie poprzez właściwe wypełnienie znacznika jednostki podrzędnej JST – tj. wskazanie „1” lub „2” w polu JST. W sytuacji, gdy wystawca faktury wskaże „1” – oznacza to, że faktura dotyczy jednostki podrzędnej JST. W takim przypadku, aby fakturę KseF otrzymała także jednostka podrzędna JST, wystawca faktury powinien wypełnić sekcję Podmiot3, w szczególności podać NIP (lub identyfikator wewnętrzny w przypadku korzystania z modelu uprawnień wykorzystującego IDWew) i określić rolę jako „8”. Wartość „2”oznacza, że faktura nie dotyczy jednostki podrzędnej JST.

Pole Podmiot3 zawiera dane podmiotu trzeciego związanego z fakturą, innego niż sprzedawca (wskazany w części Podmiot1) i nabywca (wskazany w części Podmiot2) i jest to element fakultatywny.

W myśl art. 106j ust. 1 ustawy:

Z kolei w myśl art. 106j ust. 2 ustawy:

Art. 106j ust. 2a ustawy stanowi, że:

Na podstawie art. 106j ust. 4 ustawy:

Z opisu sprawy wynika, że Gmina jest jednostką samorządu terytorialnego zarejestrowaną jako czynny podatnik podatku od towarów i usług. 1.01.2017 r. dokonała centralizacji rozliczeń VAT wraz ze swoimi jednostkami budżetowymi. Gmina będąc uczestnikiem obrotu gospodarczego jako podatnik VAT jest zobligowana do wystawiania i otrzymywania faktur, z uwagi na swoją złożoną strukturę organizacyjną na wystawianych przez nią fakturach oprócz wskazania „Sprzedawcy” (czyli Gminy Miejskiej A i jej NIPu, pod którym działa jako podatnik VAT) stosuje zasadę, że na fakturach wskazywana winna być dodatkowo jej Jednostka Organizacyjna, w ramach działalności której dokonywana jest dana sprzedaż, określana jako „Wystawca”. W sytuacji gdy z kolei wystawiane są dla niej faktury przez innych podatników VAT, każdorazowo – na jej prośbę – kontrahenci oprócz wskazania „Nabywcy” (którym jest GMK), wskazują również „Odbiorcę”, którym jest Jednostka Organizacyjna GMK, w ramach działalności której dokonywany jest dany zakup. Jednostki określane jako „Wystawca” czy „Odbiorca” wskazywane są na fakturach przez podanie ich nazwy i adresu. Od 1 lutego 2026 r. w wyniku nowelizacji przepisów o podatku od towarów i usług, podatnicy VAT będą zobowiązani do fakturowania w ramach Krajowego Systemu e-Faktur (dalej: KSeF) czyli platformy do wystawiania i otrzymywania faktur ustrukturyzowanych drogą elektroniczną. GMK zamierza na wystawianych fakturach sprzedaży jako sprzedawcę: GMK wraz z jej NIP-em (właściwym do scentralizowanych rozliczeń podatku VAT), a jako wystawcę: Jednostkę Organizacyjną i dodatkowo dla potrzeb rozróżnienia w KSeF, NIP właściwy dla tej Jednostki stosowany przez nią jako płatnika PIT. A jeśli Gmina będzie wystawiać fakturę dla innej jednostki samorządu terytorialnego, na fakturach ustrukturyzowanych wskazywać będzie jako nabywcę: określoną JST i jej NIP, a w polu podmiotu trzeciego jako odbiorcę: jednostkę organizacyjną danej JST i jej NIP stosowany jako płatnik PIT. Również na fakturach otrzymywanych przez Gminę niezbędne będzie wskazywanie w polu dotyczącym podmiotu trzeciego nazwy i NIP danej Jednostki GMK, w ramach działalności której dokonywany jest dany zakup, by faktury mogły zostać skutecznie odebrane przez pracowników właściwych Jednostek Organizacyjnych Gminy, a więc by mogły być im udostępnione w ramach KSeF zgodnie z posiadanymi przez nich uprawnieniami. Gmina zainteresowana jest potwierdzeniem sposobu oraz skutków skorygowania faktury wystawionej w ramach KSeF, w przypadkach, gdy na fakturze pierwotnej zostanie wykazany wprawdzie prawidłowy nabywca i jego NIP (jako podatnika VAT), ale zostanie podana błędna nazwa lub NIP dotyczący jednostki organizacyjnej JST wykazywanej jako podmiot trzeci, tj. jako jednostka odbierająca JST, lub jeśli w ogóle nie zostanie wskazany NIP takiej Jednostki, albo w ogóle nie zostanie wskazany ani jej nazwa ani NIP.

Odnosząc się do Państwa wątpliwości dotyczących sposobu dokonania korekty faktury zawierającej błędne lub niepełne dane dotyczące jednostki organizacyjnej jednostki samorządu terytorialnego, która wykazana byłaby na fakturze jako odbiorca, w polu „podmiot trzeci”, wystawionej w systemie KSeF, podkreślić należy, że celem faktury jest przede wszystkim udokumentowanie rzeczywistego przebiegu zdarzeń gospodarczych, zarówno pod względem przedmiotu transakcji, jak i podmiotów biorących w niej udział.

Faktury są dokumentem o charakterze sformalizowanym. Zatem, co do zasady, faktury muszą być wystawione zgodnie z obowiązującymi w tym zakresie przepisami prawa. Prawidłowość materialnoprawna faktury zachodzi, jeżeli odzwierciedla ona prawdziwe zdarzenie gospodarcze. Oznacza to, że nie można uznać za prawidłową faktury, gdy sprzecznie z jej treścią wskazuje ona zdarzenie gospodarcze, które w ogóle nie zaistniało bądź zaistniało w innych rozmiarach albo między innymi podmiotami. Faktura potwierdza zaistniałe zdarzenia gospodarcze, a jej elementy formalne wymagane przez art. 106e ust. 1 ustawy mają wyłącznie znaczenie dowodowe. Jedynie braki merytoryczne faktury mogą wywołać skutek materialny w postaci zmian w przedmiocie lub podstawie opodatkowania, a także doprowadzić do niewłaściwego określenia wysokości podatku.

W przypadku, gdy po wystawieniu faktury wystąpią zdarzenia mające wpływ na treść faktury lub okaże się, że wystawiona faktura zawiera błędy, fakturę korygującą wystawia podatnik, tj. sprzedawca. Fakturę korygującą sprzedawca wystawia w razie stwierdzenia pomyłki w jakiejkolwiek pozycji faktury. Zatem, co do zasady, korygowanie treści pierwotnie wystawionej faktury powinno nastąpić przez wystawienie przez sprzedawcę faktury korygującej. Faktura korygująca wystawiana jest w celu podania właściwych, prawidłowych i zgodnych z rzeczywistością kwot i innych danych, decydujących o rzetelności wystawionego dokumentu. Zatem, istotą faktur korygujących jest korekta faktur pierwotnych, tak aby dokumentowały rzeczywisty przebieg zdarzeń gospodarczych.

Biorąc pod uwagę okoliczności sprawy oraz powyższe uregulowania stwierdzić należy, że w sytuacji podania błędnych/niepełnych danych dotyczących jednostki organizacyjnej jednostki samorządu terytorialnego, która wykazana byłaby na fakturze sprzedaży jako odbiorca w polu „podmiot trzeci”, skorygowanie ww. błędu powinno nastąpić – w myśl art. 106j ust. 1 pkt 5 ustawy – poprzez wystawienie zarówno przez Państwa, jak i sprzedawcę (Państwa kontrahenta) faktury korygującej, zawierającej dane określone w art. 106j ust. 2 ustawy, wskazującej jako przyczynę korekty błędne określenie danych w polu Podmiot3 oraz prawidłową treść korygowanych pozycji, czyli prawidłowe dane podmiotu trzeciego związanego z fakturą, innego niż sprzedawca (Podmiot1) i nabywca (wymieniony w części Podmiot2).

Tym samym, w analizowanej sprawie korygowanie pierwotnie wystawionej faktury sprzedaży z powodu wskazania na niej błędnych/niepełnych danych faktycznego odbiorcy towarów i usług, tj. jednostki organizacyjnej JST wykazywanej jako podmiot trzeci, powinno nastąpić poprzez wystawienie zarówno przez Państwa jako sprzedawcę, jak i sprzedawcę (Państwa kontrahenta) faktury korygującej błędne/niepełne dane.

W przedmiotowej sprawie, w sytuacji gdy faktura została wystawiona na właściwego nabywcę, to wystawienie faktury korygującej „do zera” jest niezasadne.

Zatem Państwa stanowisko w części dotyczącej sposobu dokonania korekty faktury zawierającej błędne lub niepełne dane dotyczące jednostki organizacyjnej jednostki samorządu terytorialnego, która wykazana byłaby na fakturze jako odbiorca, w polu „podmiot trzeci”, wystawionej w systemie KSeF jest prawidłowe.

Odnosząc się do ustalenia okresu rozliczeniowego, w którym sprzedawca powinien ująć fakturę korygującą, należy zauważyć, że zgodnie z art. 99 ust. 1 ustawy:

Zgodnie z art. 99 ust. 7c ustawy:

Na podstawie art. 99 ust. 11b ustawy:

Z kolei art. 99 ust. 11c ustawy wskazuje, że:

Stosownie do art. 99 ust. 13a ustawy:

Natomiast w świetle z art. 99 ust. 13b ustawy:

Stosownie do art. 99 ust. 12 ustawy:

Na podstawie treści art. 109 ust. 3 ustawy:

Przytoczona regulacja wskazuje zatem, na konieczność prowadzenia przez podatnika ewidencji, służącej prawidłowemu sporządzeniu JPK_VAT z deklaracją.

Zgodnie z art. 109 ust. 3b ustawy:

Według art. 109 ust. 14 ustawy:

Ponadto, zgodnie z art. 81 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 622 ze zm.), zwanej dalej „Ordynacją podatkową”:

Stosownie do art. 81 § 2 Ordynacji podatkowej:

Wskazane wyżej przepisy statuują ogólną zasadę, prawo podatnika do korygowania uprzednio złożonych plików JPK_VAT z deklaracją podatkową. Złożony przez podatnika korygujący plik JPK_VAT z deklaracją podatkową zastępuje pierwotny (korygowany) plik JPK_VAT z deklaracją podatkową i pociąga za sobą skutki prawne, pozbawiając jednocześnie pierwotny pliku JPK_VAT z deklaracją podatkową mocy prawnej.

Korekta JPK_VAT z deklaracją podatkową ma na celu poprawienie błędu, który został popełniony przy jego sporządzeniu. Może on dotyczyć określenia wysokości zobowiązania podatkowego, wysokości nadpłaty lub zwrotu podatku oraz innych danych zawartych w treści tego pliku. Należy zauważyć, że skorygowanie pliku JPK_VAT z deklaracją podatkową polega na ponownym, poprawnym jego wypełnieniu.

W rozpatrywanej sprawie nie wystąpi sytuacja, w której należy skorygować dane Podmiotu2, zatem nie będą mieli Państwo jako sprzedawca obowiązku wykazywania faktury korygującej z prawidłowymi danymi Podmiotu3 w plikach JPK_VAT.

Zatem Państwa stanowisko w części dotyczącej ustalenia okresu rozliczeniowego, w którym sprzedawca powinien ująć fakturę korygującą jest prawidłowe.

Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia

Interpretacja dotyczy zdarzenia przyszłego, które Państwo przedstawili i stanu prawnego, który obowiązywał w dacie wydania postanowienia o odmowie wszczęcia postępowania, bowiem ta interpretacja stanowi ponowne rozstrzygnięcie tej samej sprawy w wyniku prawomocnego wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z 30 stycznia 2026 r. sygn. akt I SA/Kr 805/25.

Tą interpretacją został załatwiony wniosek w części dotyczącej sposobu dokonania korekty faktury zawierającej błędne lub niepełne dane dotyczące jednostki organizacyjnej jednostki samorządu terytorialnego, która wykazana byłaby na fakturze jako odbiorca, w polu „podmiot trzeci”, wystawionej w systemie KSeF oraz ustalenia okresu rozliczeniowego, w którym sprzedawca powinien ująć fakturę korygującą. Natomiast wniosek w części dotyczącej możliwości wyboru, że tylko jedna z Państwa jednostek organizacyjnych będzie mogła otrzymywać i wystawiać faktury w ramach KSeF w okresie fakultatywnym został załatwiony interpretacją z 13 sierpnia 2025 r. znak: 0113-KDIPT1-3.4012.658.2025.1.MWJ.

Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji

·      Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2026 r. poz. 622 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem zdarzenia przyszłego i zastosują się Państwo do interpretacji.

·      Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:

·      Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:

Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację

Mają Państwo prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w (…). Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.; dalej jako „PPSA”).

Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):

·      w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo

·      w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).

Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej.